« zpět

Detaily doktorského studia

Obecné informace

Doktorský studijní program (DSP) je akreditován na Fakultě chemické technologie (FCHT) VŠCHT Praha. DSP Bioinformatika je zajišťován Ústavem informatiky a chemie a garantován prof. Danielem Svozilem.
Základním odborným, kontrolním a hodnotícím orgánem doktorského studia je oborová rada (OR). OR kontroluje a hodnotí probíhající studium, schvaluje individuální studijní plán (ISP) a jeho změny, navrhuje složení komisí pro státní doktorské zkoušky a komisí pro obhajoby dizertačních prací či schvaluje oponenty dizertačních prací. OR se schází jednou ročně v lednu, neodkladná hlasování se řeší formou per-rollam. OR DSP Bioinformatika pracuje v tomto složení.

Podmínky studia

Podmínky studia jsou popsány ve Studijním a zkušebním řádu, část VI.

Délka řádného Ph.D. studia je 4 roky. Po tuto dobu student pobírá stipendium a má možnost žádat o projekty Interní grantovou agenturu (IGA) VŠCHT. Pokud neobhájí do 4 let od začátku studia, může student přejít na kombinované studium. Jeho délka je 3 roky a po tuto dobu již nepobírá stipendium ani nemůže aplikovat o IGA projekty. Celkem je tedy možno studovat Ph.D. 7 let, dizertační práce musí být obhájena (nestačí tedy pouze odevzdat) do 7 let od začátku studia.

Aby byl student připuštěn k obhajobě, musí:

Mít opublikovanou min. 1 prvoautorskou práci v mezinárodním impaktovaném časopise.
Mít hotové všechny zkoušky z předmětů ze svého individuálního studijního plánu.
Absolvovat zahraniční stáž v délce min. 1 měsíce. Tento pobyt nemusí být v kuse, uznávají se např. i 4 týdenní zahraniční konference či jiné výjezdy do zahraničí.
Absolvovat anglickou studentskou konferenci, která se koná na VŠCHT 3x do roka (březen, červen, listopad).

Individuální studijní plán (ISP)

Ačkoliv bývá deadline vytvoření ISP ve školním informačním systému (SISu) koncem září, semestr na VŠCHT i semestr na FIT ČVUT začínají již v průběhu září. Doporučujeme tudíž rozmyslet ISP nejpozději do konce prvního týdne září, aby mohl student začít navštěvovat příslušné přednášky již v zimním semestru 1. ročníku.
Neboť jsou předměty v ISP ve vztahu k okruhům DSP (viz dále), je potřeba nad sestavením ISP trochu přemýšlet a nenechávat si ho na poslední chvíli.
Volí se minimálně dva předměty z modulu A a zbylé (do počtu čtyř) z modulu B. V rámci modulu B je možno volit i magisterské předměty z jiných fakult VŠCHT či jiných vysokých škol.
Je třeba, aby si student včas u garanta předmětu přímo ověřil, že se vybraný předmět v daném semestru opravdu vyučuje. Údaje ve školních informačních systémech nemusí být přesné! Další důvod nenechávat ISP na poslední chvíli, komunikace s vyučujícími nemusí být úplně rychlá.
Seznam předmětů v ISP vkládají na začátku studia do školního systému studenti. Školitelé poté ISP v systému zkontrolují a postoupí dále ke schválení oborovou radou. K těmto akcím budou studenti i školitelé včas vyzváni mailem.
Na předměty v ISP se student do SISu nezapisuje. A to ani na magisterské předměty uvedené v ISP.
Doktorské předměty nejsou rozvrhovány! Před začátkem každého semestru musí student zkontaktovat garanta předmětu a zjistit si datum, čas a místnost výuky.
Na začátku každého semestru bude student požádán o zaslání seznamu předmětů, které bude v tomto semestru navštěvovat na FIT ČVUT. Tento seznam bude poskytnut FIT ČVUT, kde se studentem bude na předmětu počítáno.
Prerekvizitou pro doktorský předmět Algoritmy výpočetní genomiky je absolvování magisterského předmětu Efektivní vyhledávání v textech. Pokud student Efektivní vyhledávání v textech neabsolvoval, je nutné tímto předmětem nejprve projít, ovšem není potřeba ho zahrnout do ISP (pak z něj student nemusí skládat zkoušku). Pokud chce student navštěvovat Efektivní vyhledávání v textech, je ovšem potřeba co nejdříve kontaktovat garanta předmětu a domluvit se s ním!
Prerekvizitou pro doktorský předmět Text mining z modulu A je absolvování doktorského předmětu Information retrieval, který patří do modulu B. Neboť je Text mining vyučován v ZS a Information retrieval v LS, dostane se student k Text miningu nejdříve ve 2. ročníku studia.

Státní doktorská zkouška (SDZ) a předměty doktorského studia (ISP)

ISP a okruhy SDZ jsou úzce provázány. Ve skutečnosti je třeba se zamyslet nad volbou okruhů SDZ již při tvorbě ISP a volit dle toho vhodné předměty.
Okruhy SDZ je třeba uvést jak při vyplňování hodnocení v systému e-doktorand (zpravidla po 2. ročníku), tak v přihlášce k základní části SDZ.
Uvedená vazba na předmět u okruhů SDZ neznamená, že student bude zkoušen v rozsahu znalostí z tohoto předmětu. Při SDZ se u každého okruhu ověřují širší znalosti a přehled v daném okruhu.
Např. pokud student nemá dostatečně silné znalosti z bioinformatiky, může si místo DSP předmětu Systémová biologie zapsat, dle domluvy se školitelem, vhodný magisterský předmět, jako např. Genomika: Algoritmy a analýza či jiný. Na SDZ budou pak znalosti ověřovány v rozsahu, který student nabyl v průběhu doktorského studia.
Obdobně pro volbu SDZ okruhu Chemoinformatika není potřeba absolvovat DSP předmět Pokročilá chemická informatika a lze zvolit magisterský předmět Počítačový návrh léčiv.
Suma sumárum, na SDZ je student zkoušen z širších znalostí, které začal získávat již v průběhu magisterského studia dále je nabyl v průběhu doktorského studia.
Před SDZ doporučujeme, aby student zkontaktoval zkoušející svých okruhů a domluvil se s nimi ohledně náplně okruhů při zkoušce.

Přístup do budov a informačních systémů

Pro vyřízení vstupu do budov FIT ČVUT je třeba udělat během 14 dní před začátkem semestru na VŠCHT následující:
1. Je potřeba mít ISIC či kartu studenta VŠCHT. Informace, jak ji získat, najdete zde.
2. Osobně navštívit Kartové centrum ČVUT, říci, že jste z bioinformatiky z VŠCHT a že budete mít předměty na FITu.
3. Za poplatek 50 Kč pak na vaši kartu nahrají přístup na FIT ČVUT.
4. Dále také získáte uživatelské jméno do KOSu (viz dále).
5. Touto dobou tam může být dost lidí, doporučujeme proto udělat si dopředu rezervaci, vyhnete se tím zbytečému čekání ve frontě.
Na VŠCHT se používá informační systém SIS, na FIT ČVUT systém KOS.
Školitelé z VŠCHT mají do SISu login. Školitelé mimo VŠCHT login nemají, ale pro vykonání potřebných akcí (schválení ISP, výroční hodnocení studenta pod.) je jim vždy školou zaslán mail s odkazem. Do KOSu školitelé přístup nemají, ani ho nepotřebují
Student získá login do SISu při zápisu k doktorskému studiu.
Studenti a KOS

Studenti musí být zavedeni do KOSu ze dvou důvodů: 1. aby jim tam mohl zkoušející zapsat známku a viděl, že jsou zapsáni na jeho předmět a 2. aby viděli do podkladových materiálů u předmětu (ty jsou uložené v jiném systému, ale tam je také potřeba FITí username a heslo).
Ohledně zřízení přístupu do KOSu budou studenti na začátku prvního ročníku vyzváni garantem DSP o poskytnutí osobních údajů, na jejichž základě jim pak bude na FITu zřízen KOS login.
Po zavedení do KOSu se nic neděje, nemusíte být ani vyrozuměni mailem
Studenty do KOSu zavádí na FITu paní Fryčová, případné dotazy ohledně procedury směřujte na ní.

Školitel

Pokud je vedoucí práce z FCHT VŠCHT, pak může být školitelem, pokud je nositelem titulu doc. či prof. Pokud není doc. ani prof., ale má Ph.D., pak musí být pro dané téma schválen Vědeckou radou (VR) FCHT. Schvalování probíhá na zasedání VR až poté, co se student na dané téma přihlásí. Školitel se schvaluje pouze na jedno kontréní téma. Pro schválení VR bude školitel vyzván garantem DSP dodat CV na předepsaném formuláři.
Pokud je vedoucí práce z Akademie věd, pak mohou nastat dvě situace:
1. Dotyčný ústav AV ČR má s programem „Bioinformatika“ uzavřenou „Dílčí dohodu o vzájemné spolupráci při uskutečňování doktorských studijních programů“. Pak vedoucí práce může být školitelem s podmínkami na jeho tituly odpovídajícími bodu 1. DSP Bionformatika má tuto dohodu uzavřenou s následujícími ústavy AV ČR: ÚOCHB, ÚMG, MBÚ, FGÚ, ÚEM, BTÚ a ÚEB.
2. Dotyčný ústav AV ČR nemá s programem „Bioinformatika“ uzavřenou „Dílčí dohodu o vzájemné spolupráci při uskutečňování doktorských studijních programů“. Pak vedoucí práce z daného ústavu AV ČR může figurovat toliko jako školitel-specialista a student musí mít formálně přiřazeného školitele z Ústavu informatiky a chemie FCHT VŠCHT.

Stipendium

Všechna stipendia jsou osvobozena od daně, tedy jsou čistého. Je třeba rozlišovat případ, kdy je místem výkonu dizertační práce ústav FCHT a kdy ústav AV ČR.

Místem výkonu dizertační práce je ústav FCHT VŠCHT. Stipendium studenta sestává z následujících položek:
1. Fixní položky
  1. Základní stipendium 7 700,-/měsíc. Za každou nesplněnou povinnost se v jednotlivých letech stipendium snižuje o 500,-/měsíc. Celý systém je podrobně popsán v dokmentu „Stanovení výše základního doktorského stipendia“ na stránce https://www.vscht.cz/studium/doktorske-studium/doktorske-stipendium.
  2. Pedagogické stipendium 3 500,-/měsíc. Přiděleno, pokud se student účastní výuky/cvičení v nějakém předmětu, pomáhá při vedení bakalářských či magisterských studentů apod.
2. Proměnlivé položky
  1. VIGA (Vědecká interní grantová agentura) projekt (viz https://www.vscht.cz/veda-a-vyzkum/iga/viga)
    1. Projekt A1 – tzv. oborový grant. Tento grant podává každý rok garant programu (prof. D. Svozil) a v jeho rámci je studentům navíc vypláceno stipendium, jehož výše se odvozuje dle výkonu studenta tak, jak je tento napočítán aplikací http://edoktorand.vscht.cz. Typicky se odměna pohybuje kolem 1 500,-/měsíc až 2 500,-/měsíc, u obzvlášť výkonných studentů může být až 5 000,-/měsíc.
    2. Projekt A2 – tzv. badatelský grant. Jedná se o jednoroční projekt podávaný studentem. Jeho účelem je, aby se student naučil formulovat myšlenky a tyto přetavil do grantové přihlášky. Limity nárokovatelných finančních prostředků je možno nalézt v dokumentu „Vyhlášení soutěže IGA“ a tyto jsou pak dále zpřesněny naší fakultou (FCHT). Při podávání žádosti je třeba se řídit fakultními pravidly! Doktorand si kromě stipendia ve výši max. 5 000,-/měsíc může nárokovat i provozní prostředky či cestovné.
  2. Votočkovo stipendium – nejlepších 20 studentů na VŠCHT získává přilepšení ve výši 6 000,-/měsíc.
  3. Další projekty IGA, viz https://www.vscht.cz/veda-a-vyzkum/iga. Žádají si studenti na konkrétní společenské (SIGA) či pedagogické (PIGA) aktivity.
3. Pracovní úvazek. Někteří školitelé jsou schopni nabídnout částečný či plný pracovní úvazek či dovolují částečný úvazek mimo místo výkonu doktorského studia. Toto je třeba se školitelem vykomunikovat.
Místem výkonu dizertační práce je ústav AV ČR. Stipendium studenta sestává z následujících položek:
1. Fixní položky
  1. Základní stipendium 7 700,-/měsíc. Za každou nesplněnou povinnost se v jednotlivých letech stipendium snižuje o 500,-/měsíc. Celý systém je podrobně popsán v dokmentu „Stanovení výše základního doktorského stipendia“ na stránce https://www.vscht.cz/studium/doktorske-studium/doktorske-stipendium.
  2. Pedagogické stipendium 3 500,-/měsíc. U studentů na AV ČR je přidělováno velmi výjimečně, student musí zajišťovat nějaký VŠCHT předmět a stipendium je vypláceno pouze za měsíce, kdy výuka předmětu běží.
2. Proměnlivé položky
  1. Badatelský projekt VIGA. Student o něj může žádat pouze tehdy, pokud má min 50% bodů s afiliací pracoviště VŠCHT (afiliace nemusí být exkluzivní, tj. je možno míti dvě i více afiliací). Při splnění této podmínky není doktorand nijak omezen, t.j. po dobu běhu projektu (1 rok) si může přilepšit až o 5 000,-/měsíc.
  2. O žádné další prostředky (PIGA, SIGA, Votočkovo stipendium apod.) na VŠCHT žádat nelze.
  3. Některé ústavy AV ČR nabízí své interní granty, je třeba se vždy informovat.
3. Pracovní úvazek. Někteří školitelé jsou schopni nabídnout částečný či plný pracovní úvazek či dovolují částečný úvazek mimo místo výkonu doktorského studia. Toto je třeba se školitelem vykomunikovat.

Afiliace

Pokud se nejedná o skutečnou spolupráci mezi VŠCHT a AV ČR, není od doktorandů působících na ústavech AV ČR vyžadována na publikacích afiliace VŠCHT.

Zahraniční studenti

Zahraniční student může v DSP Bioinformatika studovat dle následujících pravidel:

Nastoupí do anglického DSP Bioinformatics. Za studium platí nemalé peníze (65 500,-/rok) a nepobírají stipendium. Velmi nesmyslné a kontraproduktivní omezení, dáno vysokoškolským zákonem.
Jsou přijati do českého DSP Bioinformatika za následujících podmínek:
1. Nastoupí v 1. semestru do anglického DSP. Za studium v 1. semestru zaplatí administrativní poplatek ve výši 2 000,- až 3 000,- a během této doby nepobírá stipendium. V 1. semestru student absolvuje kurs českého jazyka na VŠCHT, který zakončí zkouškou.
2. Na začátku 2. semestru doktorand přestoupí na český DSP se všemi jeho výhodami (neplatí za studium, pobírá stipendium, může žádat o IGA projekty apod.). Je nám samozřejmě jasné, že za 1. semestr se student česky nenaučí, proto jsou přednášky i v českém DSP vyučovány v angličtině.

Zahraniční student musí mít při pobytu na území ČR sjednané zdravotní pojištění. Pravidla jsou dosti složitá, dynamicky se mění a nejpovolanější osoby, na které se obracet, jsou vždy personalisté dané instituce. Podrobněji jsou pravidla popsána v tomto dokumentu, zde toliko rámcově:

Pokud student bere pouze stipendium a není zaměstnán např. na GAČR či jiný projekt
1. Pokud je student z EU a je do věku 26 let, pak mu stát platí pojištění v jeho rodné zemi. Toto se na základě žádosti převede z rodné země na zemi, kde pobývá a nemusí tedy u nás platit nic.
2. Pokud student z EU není, musí si platit pojištění sám.
Pokud je student zaměstnán úvazkem na grantu, pak se zdravotní platí z jeho mzdy a on si již nic platit nemusí.

Výroční hodnocení doktoranda

Každý rok v září student odevzdává do modulu e-doktorand v SISu závěrečnou zprávu, kde popíše, co celý rok dělal.
K vyplnění zprávy bude student vyzván mailem ze školy.
Studenti 1. ročníku tuto zprávu též odevzdávají a popíší v ní např. svůj diplomový projekt či jiné zajímavé činnosti.
Bližší informace o tom, co je součástí výročního hodnocení, naleznete na těchto školních stránkách.
Na základě této zprávy je každý rok doktorandův výkon obodován. Udělování bodů se řídí pravidly popsanými v dokumentu „Přehled bodového hodnocení výsledků studentů DSP na VŠCHT Praha“, který lze nalézt na stránce https://www.vscht.cz/studium/doktorske-studium. Na stejné stránce je pak k nalezení bodové hodnocení impaktovaných časopisů a další důležité dokumenty.