Bakalářské studium

Informace o přijímacím řízení pro akademický rok 2026/2027

Elektronická přihláška ke studiu

Elektronická přihláška ke studiu bude k dispozici od 15. 1. 2026 do 31. 3. 2026.
Počet studentů přijímaných do studijního programu není omezen. Informaci o kapacitě ignorujte!


Studijní plán

1. ročník

zimní semestr

KódNázev předmětuP/C/LZakončeníKredity
Povinné předměty
B101001 Obecná a anorganická chemie I

Anotace

Náplní předmětu jsou základní okruhy z obecné chemie - stavba atomu, periodicita vlastností, teorie chemické vazby, stereochemie molekul a základy chemické rovnováhy. Tyto principy jsou aplikovány při popisu reaktivity a vlastností základních skupin anorganických látek. Systematická část je podána na rozdíl od klasického pojetí (chemie prvků) jako chemie anorganických fází. Základními probíranými kategoriemi jsou molekulární plynné a kapalné látky, ionty ve vodných roztocích a jejich soli, kovy a intermetalické fáze, pevné oxidy a anorganické polymery, karbidy, nitridy a další pevné sloučeniny kovů.

Sylabus

  1. Struktura látek, elektronová struktura atomu
  2. Periodický systém
  3. Chemická vazba a chemické reakce
  4. Elementární nekovy - chemická vazba, vlastnosti, reaktivita
  5. Víceatomové molekuly nekovů - struktura, chemická vazba, vlastnosti
  6. Plynné a kapalné molekulární sloučeniny nekovů
  7. Monoatomární ionty ve vodných roztocích a jejich soli
  8. Oxoanionty ve vodných roztocích a krystalech
  9. Koordinační sloučeniny
  10. Struktura, chemická vazba a vlastnosti kovů
  11. Kovy a intermetalické fáze - reaktivita, výroba
  12. Jednoduché pevné oxidy a anorganické polymery
  13. Binární neoxidové pevné sloučeniny kovů a nekovů
 3/3/0 z, Zk 8
B413023 Matematika pro chemiky I

Anotace

Tento kurz umožní studentům bakalářských studií získat solidní základy v elementární matematice. Předměty studia jsou: vlastnosti funkcí, limity, derivace funkcí jedné proměnné, primitivní funkce a určité integrály. Studenti se seznámí s matematikou potřebnou pro aplikace v oblasti fyziky a chemie. Na probranou látku také navazuje Matematika pro chemiky II.

Sylabus

  1. Limita funkce a základní techniky jejího výpočtu. Spojitost funkce. Vlastnosti spojitých funkcí.
  2. Derivace funkce a její geometrický význam. Výpočet derivace. Rovnice tečny. L’Hospitalovo pravidlo. Asymptoty.
  3. Vyšetřování monotonie a lokálních extrémů funkce na základě první derivace. Derivace vyšších řádů. Konvexní a konkávní funkce. Inflexní body. Vyšetřování průběhu funkce.
  4. Diferenciál funkce. Křivky a jejich parametrizace.
  5. Primitivní funkce. Neurčitý integrál a jeho výpočet pomocí metody per-partes a substituce.
  6. Integrace vybraných typů funkcí.
  7. Určitý integrál. Newtonův integrál a jeho výpočet.
  8. Diferenciální rovnice prvního řádu. Rovnice separované a separovatelné a jejich řešení.
  9. Homogenní lineární diferenciální rovnice prvního a druhého řádu s konstantními koeficienty a jejich řešení.
 2/3/0 z, Zk 5
B413015 Matematický start

Anotace

Předmět poskytuje začínajícím studentům bakalářského studia úvodní přehled látky středoškolské matematiky nezbytný pro navazující matematické předměty, zejména matematiku pro chemiky.

Sylabus

  1. Přímka a její vyjádření. Soustavy dvou lineárních algebraických rovnic. Vektory a jejich sčítání a násobení číslem, skalární součin. Norma a metrika.
  2. Lineární a kvadratické rovnice a nerovnice.
  3. Elementární funkce jedné proměnné. Definiční obor, obor hodnot a graf funkce. Složené funkce.
  4. Goniometrie. Exponenciála a logaritmus. Komplexní čísla. Goniometrický tvar komplexního čísla. Eulerova formule.
 0/2/0 z 2
B143010 Vývoj softwarových aplikací

Anotace

Předmět studenty uvádí do praktického vývoje softwaru od prvotního návrhu až po nasazení a údržbu aplikací. Zaměřuje se na porozumění životnímu cyklu softwaru, práci s kompilovanými i interpretovanými jazyky, systematické ladění a testování včetně unit testů a měření pokrytí kódu. Důraz je kladen na používání systému Git pro verzování v týmu, včetně práce s větvemi, vzdálenými repozitáři a základním CI/CD. Studenti si osvojí návrh modulární struktury projektů, tvorbu API, dokumentaci a principy čitelného, dlouhodobě udržovatelného kódu. Seznámí se také s nasazováním aplikací pomocí kontejnerů (Docker, Apptainer), základy sítí, kybernetické bezpečnosti, využitím umělé inteligence při programování a specifiky vývoje vědeckého softwaru na HPC infrastrukturách. Na závěrečném týmovém projektu si vyzkoušejí kompletní workflow vývoje od návrhu přes implementaci, verzování, testování, dokumentaci až po demonstraci nasazení v praxi.

Sylabus

  1. Co je software a základní vývojové workflow {Životní cyklus softwaru od nápadu přes vývoj a nasazení až po dlouhodobou údržbu. Důležité pojmy: release, verze, bugfix, refaktoring… Editace kódu, textové editory, integrovaná vývojová prostředí (IDE). Stručný úvod do agilních metodik vývoje softwaru.}
  2. Cesta od zdrojového kódu k binárce {Ladění (debugging), kompilace (build systémy), linkování a testování. Unit testy a analýzu pokrytí kódu (code coverage). Rozbor typických chyb, jako jsou linking errors, segmentation faults a memory leaks. Specifika kompilovaných jazyků a interpretovaných jazyků. Rozdíly mezi typovanými a netypovanými jazyky. Příkladem srovnání typovaného a netypovaného jazyka jsou jazyky C a Python.}
  3. Základy verzování: práce v týmu a hlavní koncepty Git {Základy práce s Gitem v lokálním repozitáři. Staging area a commity. Soubor .gitignore. Prohlížení historie projektu pomocí příkazů log, blame a diff. Slučování větví (merge) a řešení konfliktů. Release tagy. Vzdálené repozitáře pro sdílení kódu (GitHub/GitLab). Operace clone, fetch, pull a push. Nastavení přístupů přes SSH a HTTPS. Základní CI/CD workflow s využitím GitHub Actions. Práce s pull requesty a merge requesty. Základní code review.}
  4. Projektová struktura a modulární kód {V rámci této části bude zadán skupinový projekt. Skupinový projekt se zaměří na vývoj většího softwarového celku v týmu. Studenti se naučí organizovat projekt do přehledných adresářů a modulů. Studenti zjistí, co je API a jakou roli hraje ve struktuře softwaru. Naučí se navrhovat rozhraní mezi jednotlivými moduly projektu, která jsou stabilní, rozšiřitelná a srozumitelná. Budou se věnovat dokumentaci k projektu a jejímu významu. Seznámí se se soubory README a jejich potřebným obsahem. Naučí se psát komentářovou dokumentaci přímo v kódu. Vyzkoušejí si jednoduché generování dokumentace pomocí nástrojů typu Doxygen nebo podobných systémů.}
  5. Umělá inteligence ve vývoji softwaru {Studenti se naučí, jak efektivně pracovat s agentními systémy a nástroji založenými na umělé inteligenci pro generování kódu. Seznámí se s výhodami využívání umělé inteligence a poznají též úskalí a rizika spojená s takzvaným „vibe codingem“.}
  6. Čitelnost kódu a coding style {Principy čitelného kódu a jejich praktické použití. Studenti se zaměří na vhodné pojmenovávání proměnných, funkcí a modulů. Důraz bude kladen na udržování konzistentního stylu v celém projektu. Studenti poznají význam coding style guidelines při týmové práci. Seznámí se s možnostmi formátování kódu ručně i pomocí autoformatterů.}
  7. Deployment a uživatelská rozhraní {Studenti získají základní přehled o virtualizaci a jejím využití při nasazování aplikací. Naučí se pracovat s kontejnery Docker a Apptainer. Úvod do síťové komunikace na internetu (REST API). Základní principy kybernetické bezpečnosti. Stručný úvod do orchestrátorů kontejnerů, například Kubernetes. Seznámení s konceptem grafických uživatelských rozhraní. Seznámení s některými GUI frameworky.}
  8. Specifika vývoje vědeckého softwaru {FAIR principy pro vědecká data a software. Přehled o HPC infrastrukturách používaných ve vědeckém prostředí. Základy práce na HPC systémech pro výpočty. Seznámení se s používáním plánovačů úloh, jako jsou Slurm a PBS.}
  9. Práce na projektu a konzultace {Poslední tři bloky budou věnovány intenzivní práci na studentských projektech. Studenti budou průběžně konzultovat stav svého projektu s vyučujícím. Budou finalizovat implementaci jednotlivých částí softwaru. Součástí bude důkladné testování a ladění výsledného řešení. Studenti dokončí dokumentaci k projektu a připraví jeho prezentaci včetně demonstrace jeho nasazení v praxi.}
 0/0/3 kz 3
B143003 Programování v shellu

Anotace

Předmět je zaměřen na výuku programování v shellu - příkazovém interpretru operačního systému Linux. V sérii praktických cvičení se studenti naučí používat základní příkazy a pokročilé nástroje shellu. Získají dovednosti a osvojí si techniky psaní shellových skriptů pro automatizované a efektivní zpracování dat.

Sylabus

  1. Úvod. Příkazová řádka. Ovládání shellu. Práce s příkazy. Manuálové stránky a další dokumentace.
  2. Manipulace se soubory a adresáři. Vyhledávání.
  3. Vstup, výstup a přesměrování. Expansní operátory.
  4. Uživatelská oprávnění.
  5. Regulární výrazy.
  6. Manipulace s textem.
  7. Pokročilá transformace textu.
  8. Struktura shellového skriptu. Sekvence příkazů.
  9. Řídicí konstrukce podmínek a větvení.
  10. Řídicí konstrukce cyklů.
  11. Aritmetické výpočty a logické operace.
  12. Pole.
  13. Funkce.
  14. Procesy. Archivace a komprese.
 0/3/0 kz 4
B500001 FIT Programování a algoritmizace 1

Anotace

Studenti se naučí sestavovat algoritmy řešení základních problémů a zapisovat je v jazyku C. Ovládají datové typy (jednoduché, ukazatele, strukturované), výrazy, příkazy, a funkce demonstrované v programovacím jazyce C. Rozumějí principu rekurze a složitosti algoritmů. Naučí se základní algoritmy pro vyhledávání, řazení a práci se spojovými seznamy a stromy.

Sylabus

  1. Algoritmy a programy, základní podpora vývoje.
  2. Proměnné, vstup a výstup v jazyce C.
  3. Pohyblivá řádová čárka. Výrazy v jazyce C.
  4. Řídící konstrukce v jazyce C.
  5. Funkce v jazyce C.
  6. Pole a řetězce v jazyce C.
  7. Struktury a ukazatele v jazyce C.
  8. Ukazatele a dynamická alokace paměti v jazyce C.
  9. Složitost, algoritmy pro vyhledávání a kvadratické algoritmy řazení.
  10. Spojové a stromové struktury v jazyce C.
  11. Rekurzivní algoritmy, MergeSort, úvod do QuickSortu.
  12. Práce se soubory a modulární programování v jazyce C.
  13. Abstraktní datové typy (boolean, komplexní čísla, fronta, zásobník).
 2/4/0 z, Zk 8

letní semestr

KódNázev předmětuP/C/LZakončeníKredity
Povinné předměty
B110003 Organická chemie I

Anotace

V rámci koncepce struktura - reaktivita je moderním způsobem systematicky probírána struktura a reaktivita alkanů, alkenů, alkynů a jejich monofunkčních derivátů: halogenderivátů, alkoholů a fenolů, karbonylových sloučenin a karboxylových kyselin a jejich funkčních derivátů. Pozornost je kladena na pochopení základních principů a mechanismů, které se uplatňují v organických reakcích.

Sylabus

  1. Úvod do organické chemie, teorie vazeb, základy nomenklatury.
  2. Stereochemie – R/S nomenklatura, konformace alkanů a cykloalkanů.
  3. Popis vazeb v organických sloučeninách, acidobazické vlastnosti organických sloučenin.
  4. Alkeny – Elektrofilní adice, hydrogenace, radikálové adice, polymerace.
  5. Konjugace, konjugované systémy – Elektrofilní adice, dienové polymery.
  6. Alkyny – acidobazické chování, elektrofilní adice, hydrogenace.
  7. Areny – Aromatická elektrofilní substituce, reakce v postranním řetězci – radikálová substituce.
  8. Halogenalkany – Nukleofilní substituce, dehydrohalogenace a dehalogenace.
  9. Organokovové sloučeniny – Příprava organokovových sloučenin a organokovy jako nukleofily.
  10. Alkoholy a fenoly – Acidobazické vlastnosti, dehydratace a oxidace alkoholů.
  11. Karbonylové sloučeniny – Enolizace a nukleofilní adice na karbonylovou skupinu.
  12. Karboxylové kyseliny a jejich deriváty – Acidobazické vlastnosti kyselin, nukleofilní substituce na acylové skupině.
  13. Aminy – Struktura, acidobazické vlastnosti, příprava a reaktivita aminů.
  14. Chemie přírodních látek – Sacharidy a aminokyseliny, struktura, vlastnosti a základní reaktivita.
 2/2/0 z, Zk 5
B444003 Fyzika I

Anotace

Předmět je zaměřen na pochopení základních fyzikálních jevů a na rozvoj technického myšlení. Jsou probírány fyzikální zákony a vysvětlovány fyzikální principy, které jsou nezbytné pro návazné předměty v bakalářském studiu.

Sylabus

  1. Úvod: Fyzikální veličiny a jejich jednotky, soustava SI.
  2. Základní pojmy mechaniky I: Síla, Newtonovy zákony, práce, výkon, energie kinetická a potenciální. Zákony zachování mechanické energie a hybnosti, pružné a nepružné rázy.
  3. Základní pojmy mechaniky II: Moment setrvačnosti, moment síly, moment hybnosti. Práce, výkon a energie při rotaci. Valení těles. Podmínky rovnováhy, těžiště.
  4. Mechanika kontinua, hydromechanika: Síly v kontinuu, deformace tělesa, Hookův zákon. Hydrostatický tlak, Archimédův zákon. Bernoulliova rovnice, proudění reálné kapaliny.
  5. Kmity: Netlumené, tlumené a vynucené harmonické kmity. Skládání kmitů.
  6. Vlnění: Popis vlnění, rychlost šíření, intenzita vlnění. Huygensův princip, lom a odraz, Snellův zákon. Interference vlnění, stojaté vlnění.
  7. Vlnová optika: Povaha světla, interference světla, tenká vrstva, ohyb na štěrbině, difrakční mřížka, polarizace světla, optická aktivita látek.
  8. Geometrická optika: Základní pojmy optického zobrazování, zobrazování odrazem a lomem, optické přístroje - lupa, mikroskop.
  9. Elektrostatické pole: Coulombův zákon. Elektrický dipól. Potenciál, napětí, práce. Kondenzátor, polarizace dielektrika. Pohyb náboje v elektrickém poli.
  10. Stejnosměrné obvody: Ohmův zákon, Jouleův zákon. Kirchhoffovy zákony. Měření proudů, napětí a elektrických odporů.
  11. Magnetické pole: Silové účinky magnetického pole. Hmotový spektrograf, měřicí přístroje, cyklotron, Hallův jev. Biotův-Savartův zákon. Magnetické pole v látkách.
  12. Elektromagnetické pole: Elektromagnetická indukce, vlastní a vzájemná indukčnost. Elektromagnetické vlny, energie elektromagnetického pole. Mikrovlnný a indukční ohřev.
  13. Obvody střídavého proudu: Generátor střídavého proudu. Výkon střídavého proudu. Impedance, fázové posunutí, sériový rezonanční obvod.
  14. Základní pojmy moderní fyziky: Záření černého tělesa, Stefanův-Boltzmannův zákon, Planckův zákon vyzařování, absorpce, emise, laser. Fotoelektrický jev, rentgenové záření, rentgenová difrakce na krystalech.
 3/2/0 z, Zk 6
B413024 Matematika pro chemiky II

Anotace

Tento kurz umožní studentům bakalářského studia získat solidní základy v elementární matematice. Předměty studia jsou: vlastnosti funkcí, limity, derivace funkcí jedné proměnné, primitivní funkce a určité integrály. Studenti se seznámí s řadou aplikací v oblasti fyziky a chemie. Hodnocení probíhá na základě závěrečné písemné zkoušky.

Sylabus

  1. Lineární závislost a nezávislost. Homogenní soustavy lineárních algebraických rovnic a jejich řešení.
  2. Řešení nehomogenních soustav lineárních algebraických rovnic. Determinant.
  3. Násobení matic. Inverzní matice.
  4. Reálná funkce více reálných proměnných. Vektorová pole. Parciální derivace. Gradient. Derivace ve směru.
  5. Divergence, rotace a jejich geometrický význam. Derivace ve směru. Operátor nabla, Laplaceův operátor.
  6. Pravidlo řetězení derivací (chain rule). Totální diferenciál a tečná rovina.
  7. Extrémy funkcí více proměnných. Metoda nejmenších čtverců.
  8. Implicitně zadané funkce jedné a více proměnných a jejich derivace.
  9. Dvojný integrál. Fubiniova věta a záměna pořadí integrace.
  10. Geometrický význam dvojného integrálu. Transformace do polárních souřadnic.
  11. Křivkový integrál skalární funkce. Délka křivky. Křivkový integrál vektorové funkce.
  12. Nezávislost křivkového integrálu na integrační cestě. Potenciál vektorového pole.
  13. Diferenciální formy a jejich integrace. Greenova věta.
 2/3/0 z, Zk 5
B834001 Odborný anglický jazyk A

Anotace

Cílem předmětu je rozvíjet všechny jazykové dovednosti se zvláštním zaměřením na oblast odborného jazyka a jeho specifika. Tematické oblasti zahrnují univerzitní prostředí, chemii a další přírodní vědy a práci v laboratoři.

Sylabus

  1. Úvod do studia předmětu. Jak připravit prezentaci na odborné téma.
  2. Univerzitní studium: akademické prostředí
  3. Univerzitní studium: život na univerzitě
  4. Univerzitní studium: studium
  5. Věda: úvod do chemie
  6. Věda: prvky a sloučeniny
  7. Věda: fyzika a matematika
  8. Věda: biochemie I
  9. Věda: biochemie II (enzymy)
  10. Laboratoř a výzkum: chemické nádobí a přístroje
  11. Laboratoř a výzkum: pravidla bezpečnosti při práci v laboratoři
  12. Laboratoř a výzkum: výzkum a pokus
  13. Laboratoř a výzkum: laboratorní zpráva a abstrakt
  14. Shrnutí a opakování
 0/2/0 z 1
B500002 FIT Objektové programování v Javě

Anotace

Předmět Objektové programování v Javě uvede studenty do objektově orientovaného programování v programovacím jazyku Java. Kromě samotného jazyka budou probrány základní knihovny pro práci se soubory, proudy, sítěmi, kolekcemi, databázemi a vícevláknové programování.

Sylabus

  1. Primitivní datové typy a operace s nimi, úvod do OOP.
  2. OOP, třídy, objekty, konstruktory, popis API základních tříd a jednoho rozhraní.
  3. Výjimky, jejich šíření a ošetření, Autoclosable v Javě 7 a vylepšení příkazu try, příkaz assert, polymorfismus a RTTI ( Run Time Type Identification ).
  4. Pole a API třídy java.util.Arrays, kolekce - taxonomie, implementace, časové složitosti operací, vhodná nasazení, související API, utility.
  5. Vstup, výstup: základní pricipy pro ukládání dat, znakové x bytové proudy, vstupní x výstupní proudy, třída File, proudění rourou, serializace a deserializace objektů, komprese dat, třída RandomAccess-File, knihovny java.io a java.nio.
  6. Vlákna a procesy, jejich interakce, synchronizace. Programování vícevláknových aplikací na vícejádrových procesorech.
  7. Sítě a java.net, Java a Internet, základní pojmy (IP, TCP, URL, port DNS), socketové x datagramové spojení, klient - server architektura.
  8. Knihovny pro práci s GUI, JavaFX, události: zásady návrhu grafického uživatelského rozhraní, správci rozvržení, metrika, kontejnery a komponenty, Graphics, Font a Color. Delegační model zpracování událostí, Listenery a Adaptery, zdroje událostí, obslužné metody, Focus a MVC,
  9. JavaFX pokračování.
  10. Databáze: připojení k databázím, typy připojení, JDBC, rozhraní Connection, Statement a ResultSet, vybrané příkazy SQL, datové typy SQL vs. datové typy Javy. Návrhový vzor DAO.
  11. RMI = Remote Method Invocation, vnitřní a vnořené třídy, lokální třídy.
  12. Odlišné vlastnosti Javy 5, Javy 7 a starších verzí, pokročilé využití Enum, generika, použití, definice vlastních generických tříd a metod.
  13. Dokumentace, JAR, logování, regulární výrazy a jejich využití při vyhledávání, JNI.
 2/5/0 z, Zk 7
B143006 Správa výpočetních systémů

Anotace

Předmět je postaven na sérii praktických cvičení z oblasti správy výpočetních systémů. Cílem je seznámit studenty s architekturou a technickým vybavením počítačů, poskytnout přehled o fungování výpočetních systémů a počítačových sítí, a vysvětlit funkci správce systémových zdrojů. Pozornost je také zaměřena na význam a principy vývoje software, jeho kategorizaci a vztah vůči hardware.

Sylabus

  1. Logické obvody.
  2. Architektura výpočetních systémů.
  3. Hardware. Komponenty výpočetních systémů. Periferie.
  4. Software. Metodologie vývoje. Testování.
  5. Operační systémy. Funkce a struktura správce systémových zdrojů.
  6. Instalace a správa operačního systému.
  7. Souborové systémy. Zálohování dat. Externí úložiště.
  8. Kryptografie a hashování. Principy a odpovídající datové struktury.
  9. Verzovací systémy.
  10. Počítačové sítě. Modely, architektura a infrastruktura.
  11. Síťové protokoly.
  12. Datová komunikace. Přenosová média.
  13. Výpočetní modely a vzdálený přístup.
  14. Virtualizace.
 0/3/0 kz 3
B143007 Webové technologie

Anotace

Cílem předmětu je seznámit studenty s technologiemi, na kterých je postavena moderní komunikace v prostředí internetu. Probrány budou základy metajazyka XML, popisu jeho struktury (schémové jazyky) a zobrazení (CSS), získané znalosti budou následně aplikovány na jazyk HTML5 a jeho moderní aplikace ve spojení s JavaScriptem a DOMem, jakož i jejich propojení pomocí síťových protokolů a serverových služeb.

Sylabus

  1. Historie a filozofie webových technologií.
  2. Význam (sémantika) v textových souborech: metajazyk XML, popis struktury XML-souborů a jejich validace, jmenné prostory v XML, kódování HTML a XML, znakové entity.
  3. Navigace po stromečkové struktuře: selektory v CSS (plus úvod do CSS), XPath.
  4. Objektová reprezentace XML: DOM versus SAX a jejich použití v JavaScriptu a Pythonu.
  5. HTML5: značky, specifika jeho objektové reprezentace, zobrazení a skriptování.
  6. HTTP a další protokoly, formuláře v HTML5, WSGI v Pythonu.
  7. Vybrané webové knihovny.
 2/0/0 Zk 3
 
Poznámka Během 1. až 5. semestru musí student získat celkem čtyři zápočty z tělesné výchovy. Jeden ze zápočtů lze nahradit absolvováním letního nebo zimního týdenního základního kurzu zajišťovaného katedrou tělesné výchovy.

2. ročník

zimní semestr

KódNázev předmětuP/C/LZakončeníKredity
Povinné předměty
B403003 Fyzikální chemie I

Anotace

Předmět pokrývá elementární části fyzikální chemie (zásadní pojmy a veličiny, stavové chování, základy termodynamiky), na která navazují témata z oblastí fázových rovnováh, rovnováh chemických reakcí, vybrané partie z oblasti vlastností a chování systémů obsahujících elektrolyty a popis rychlosti chemických reakcí.

Sylabus

  1. Základní pojmy, termodynamický systém, termodynamický děj, stavové veličiny.
  2. Stavové chování plynů, stavová rovnice ideálního plynu. Reálný plyn.
  3. I. věta termodynamická, vnitřní energie, teplo, práce a jejich výpočet.
  4. Entalpie, reakční teplo, standardní slučovací entalpie, Hessův a Kirchhoffův zákon. Entalpická bilance chemické reakce.
  5. II. věta termodynamická, entropie. Výpočet entropie při různých dějích.
  6. Helmholtzova a Gibbsova energie, jejich význam a III. věta termodynamická.
  7. Termodynamika směsí, chemický potenciál, aktivita, podmínky rovnováhy, Gibbsův fázový zákon.
  8. Chemické rovnováhy, ovlivňování rovnovážného složení chemické reakce
  9. Reakce v kapalné fázi, iontové rovnováhy, součin rozpustnosti, rozpustnost solí ve vodě.
  10. Fázové rovnováhy v jednosložkových soustavách, Clapeyronova rovnice.
  11. Rovnováhy ve vícesložkových systémech, fázové diagramy.
  12. Rozpustnost plynů v kapalinách, rovnováhy v kondenzovaných soustavách.
  13. Úvod do elektrochemie, Faradayův zákon, galvanický článek.
  14. Základní pojmy chemické kinetiky, rychlost reakce, rychlostní rovnice, katalýza.
 2/2/0 z, Zk 5
B320023 Biochemie I

Anotace

Tento předmět vás zavede do světa chemie života - biochemie, kde se seznámíte s klíčovými principy a procesy života. Naučíte se rozpoznávat a chápat základní funkce a vlastnosti proteinů, sacharidů, nukleových kyselin a lipidů. Kromě toho se ponoříte do základních metabolických procesů, které probíhají v živých organismech. Co vás čeká? Objevíte, jakou u roli hrají proteiny v živých organismech a jak jejich struktura ovlivňuje funkci. Zjistíte, proč jsou sacharidy nezbytné pro zisk energie a jak se metabolizují. Pochopíte, jak je v DNA a RNA uchována genetickou informace a jak se tato informace přenáší. Pochopíte význam lipidů pro buněčné membrány a energetické zásoby. Naučíte se, jak živé organismy získávají a využívají energii z přijímaných látek. Tento předmět je ideální pro všechny, kteří chtějí získat základní znalosti biochemie a pochopit, jak tyto procesy ovlivňují zdraví a fungování organismů.

Sylabus

  1. Definice biochemie a její pozice v systému přírodních věd, organizace živých systémů. Aminokyseliny (vlastnosti, reakce), peptidy. (Definice čím se zabývá biochemie. Složení a organizace živých systémů, molekulové rozpoznávání. Typy nekovalentních interakcí. Definice rozdílů mezi prokaryoty a eukaryoty a mezi rostlinnou a živočišnou buňkou. Proteinogenní aminokyseliny – názvy, vzorce, 3 písmenové kódy, vlastnosti, titrační křivky, výpočet izoelektrických bodů. Peptidová vazba – vzorec polypeptidového řetězce, názvosloví peptidů, u jednoduchých peptidů výpočet/odhad izoelektrických bodů.)
  2. Bílkoviny, rozdělení a obecné funkce bílkovin; úrovně struktur, vlastnosti, vztah struktury a funkce. (Funkce bílkovin a peptidů v živých organismech. Popis úrovně struktur bílkovin. Umět vysvětlit denaturaci. Běžné kovalentní modifikace proteinů, jmenovitě disulfidové můstky, fosforylace a glykosylace.)
  3. Metody používané pro biochemickou charakterizaci živých organismů (chromatografie, elektromigrační techniky, imunochemické techniky, hmotnostní spektrometrie, PCR). (Princip separace pomocí GC, IEC, afinitní chromatografie. Elektroforetické metody SDS-PAGE, IEF. Základní typy ELISA, Edmanovo odbourávání, PCR.)
  4. Enzymy: struktura, názvosloví, rozdělení do tříd. Vysvětlit principy enzymové katalýzy a porovnání s neenzymovými katalyzátory. (Specifita enzymů. Vědět, že existují třídy enzymů. Vědět co jsou kofaktory a jejich vztah k vitaminům. Definovat rozdíl mezi koenzymem a prostetickou skupinou. Definovat počáteční reakční rychlost. Napsat rovnici Michaelise a Mentenové, definovat její parametry a jejich význam. Vysvětlit inhibice enzymů a využití inhibitorů.)
  5. Principy látkové a energetické přeměny, aerobní a anaerobní respirace, světlá fáze fotosyntézy. (Definice metabolismu. Základy dělení organismů z hlediska výživy (trofiky). Rozdíl mezi aerobními a anaerobními organismy. Vztah mezi autotrofy a heterotrofy. Katabolismus, anabolismus a jejich vzájemný vztah. Role ATP v metabolismu a způsoby jeho syntézy. Pozice dýchacího řetězce v metabolismu. Princip a význam respirace. Rozdíl mezi aerobní a anaerobní respirací. Co je proton-motivní síla, jak vzniká a jaké má jednotky. Spřažení dýchacího řetězce a syntézy ATP oxidativní fosforylací. Tvorba ATP fotofosforylací.)
  6. Citrátový a glyoxylátový cyklus. (Intracelulární lokalizace TCA. Sumární rovnice. Pozice v katabolismu. Návaznost na TCA – kde se regenerují redukované kofaktory. Zdroje acetylCoA: propojení s β-oxidací mastných kyselin, oxidační dekarboxylace. Amfibolické aspekty reakcí TCA. Význam a pozice TCA v metabolismu. Sumární rovnice a význam glyoxylátového cyklu.)
  7. Sacharidy a jejich metabolismus. (Definice sacharidů, funkce sacharidů, struktura nejdůležitějších mono-, di- a polysacharidů. Katabolismus a anabolismus sacharidů (základy glykolysy, pentosového cyklu, glykogeneze, glykogenolýzy, glukogeneze, Calvinova cyklus, Coriho cyklu). Významné reakce glykolysy, energetická bilance.)
  8. Lipidy, biomembrány a základy membránového transportu, metabolismus lipidů. (Definice lipidů, rozdělení a funkce. Struktura membrán a vlastnosti. Aktivní a pasivní transport. Aktivace mastných kyselin. Beta-oxidace a napojení na TCA. Ketonové látky, syntéza mastných kyselin. Kyvadla pro transport redukovaných kofaktorů.)
  9. Metabolismus dusíkatých látek. (Katabolismus proteinů. Funkce proteas, rozdělení aminokyselin na glukogenní, ketogenní a glukoketogenní. Eliminace dusíku z různých typů organismů (ureotelní, urikotelní a amonotelní organismy), Ornitinový cyklus.)
  10. Regulace metabolismu a jeho význam. (Základní principy regulace metabolismu na úrovni reakce, cyklu a endokrinního systému – příklady hormonů. Komunikace mezi organismy.)
  11. Nukleové kyseliny a jejich struktura, základy molekulární genetiky. (Komponenty nukleových kyselin a jejich role v organismu. Terminologie – nukleotid, nukleosid, báze. Párování bází. Purinové a pyrimidinové báze. Poznat rozdíl mezi purinovou a pyrimidinovou bazí. Struktura prokaryotní a eukaryotní DNA (primární, sekundární, terciární). Struktura RNA (mRNA, rRNA a tRNA).)
  12. Replikace, transkripce, translace. (Popis transkripce a posttranskripčních úprav. Rozdíl u prokaryot a eukaryot. Co jsou introny a exony. Co je sestřih. Vysvětlit, co je genetický kód. Popsat translaci. Co je kodón a antikodón. Co jsou ribozomy.)
 2/2/0 z, Zk 5
B834002 Odborný anglický jazyk B

Anotace

Cílem předmětu je rozvíjet komunikativní dovednosti se zvláštním důrazem na specifika odborného jazyka, zdokonalit již osvojené gramatické a lexikální jazykové prostředky. Tematické okruhy zahrnují potraviny, léčiva, materiály, paliva a energie, technologie životního prostředí a chemické inženýrství. Zvláštní kapitola je věnována zpracování prezentace.

Sylabus

  1. Prezentace
  2. Analýza potravin
  3. Konzervace potravin a biotechnologie
  4. Podávání a účinek léčiv
  5. Výzkum a vývoj léčiv
  6. Druhy a vlastnosti materiálů
  7. Materiály budoucnosti
  8. Zdroje energie
  9. Paliva
  10. Technologie vody
  11. Technologie odpadů
  12. Co je chemické inženýrství
  13. Pracovní pozice a projekty v chemickém inženýrství
  14. Opakování
 0/2/0 z, Zk 3
B101009 Laboratoř programu Bioinformatika I

Anotace

Studenti jsou seznámeni se zásadami bezpečnosti práce, základním laboratorním vybavením a experimentálními postupy používanými v anorganické a organické chemii. Preparační práce a kvalitativní reakce doplní teoretické znalosti o charakteristických vlastnostech prvků a anorganických sloučenin. Studenti při několika jednoduchých syntézách získávají potřebné pracovní návyky a zkušenosti pro přípravu a charakterizaci organických sloučenin. Při hodnocení se klade důraz nejen na zvládnutí praktických dovedností, ale i na znalosti jednoduchých výpočtů, které se týkají stechiometrie a ředění roztoků, a znalost chemických reakcí, které při prováděných operacích probíhají.

Sylabus

  1. Bezpečnost práce v laboratoři, laboratorní řád, záznamy o laboratorní práci.
  2. Základní vybavení anorganické laboratoře.
  3. Základní laboratorní práce - rozpouštění, filtrace, odpařování, srážení, dekantace.
  4. Základní laboratorní operace - krystalizace, vážení, stanovení hustoty, určení pH.
  5. Oxidačně redukční reakce - provedení v roztoku a v pevné fázi.
  6. Chemie nekovů - reakce nekovů a jejich sloučenin.
  7. Důležité kvalitativní reakce vybraných aniontů a jejich stanovení v neznámém vzorku.
  8. Základní vybavení organické laboratoře.
  9. Stavba aparatur a základní operace organické syntézy.
  10. Konkrétní jednostupňové organické syntézy spojené s izolací a identifikací produktu, zahřívání za míchání pod zpětným chladičem.
  11. Krystalizace v organické chemii.
  12. Extrakce.
  13. Destilace za atmosférického tlaku.
  14. Stanovení bodu tání a GLC chromatografie připravených organických látek.
 0/0/3 kz 2
B500008 FIT Algoritmy a grafy 1

Anotace

Předmět pokrývá to nejzákladnější z efektivních algoritmů, datových struktur a teorie grafů, které by měl znát každý informatik.

Sylabus

  1. Motivace a úvod do teorie grafů.
  2. Základní definice a pojmy teorie grafů I.
  3. Základní definice a pojmy teorie grafů II. Řadící algoritmy O(n^2).
  4. Binární haldy. Nafukovací pole, amortizovaná složitost.
  5. Binomiální haldy.
  6. Operace a vlastnosti binárních vyhledávacích stromů, způsoby jejich vyvažování, podrobnější diskuze AVL stromů.
  7. Randomizované algoritmy, základy pravděpodobnosti, hešování a strategie řešení kolizí.
  8. Rekurzivní algoritmy a metoda Rozděl a panuj.
  9. QuickSort. Dolní mez složitosti řazení v porovnávacím modelu. Speciální algoritmy řazení.
  10. Dynamické programování.
  11. Minimální kostra ohodnoceného grafu. Jarníkův a Kruskalův algoritmus a jejich implementace.
  12. Algoritmy hledání nejkratších cest v ohodnoceném grafu.
 2/2/0 z, Zk 5
B143008 Programování v Pythonu

Anotace

Cílem předmětu je naučit se efektivně používat základní řídicí a datové struktury jazyka Python pro zpracování textových a binárních dat. Důraz bude kladen na zdůraznění rozdílů mezi filozofií programů v Pythonu a jiných programovacích jazycích. Studenti se též seznámí s hlavními rozdíly mezi ne zcela kompatibilními verzemi 2.x a 3.x jazyka.

Sylabus

  1. Historie a úvod do Pythonu.
  2. Základní typy a řídicí konstrukce. Výjimky.
  3. Funkce a jejich specifika.
  4. Moduly a jejich použití.
  5. Třídy a jejich specifika. Magické metody.
  6. Textový a binární vstup a výstup. Serializace datových struktur.
  7. Uživatelský vstup, interakce s prostředím.
  8. Testování a ladění kódu.
  9. Vybrané interní a externí knihovny.
 2/2/0 z, Zk 5
Povinně volitelné předměty
B110004 Organická chemie II

Anotace

Předmět Organické chemie II navazuje na Organickou chemii I, pojednává o organické chemii z hlediska typů reakcí a jejich mechanismů. Tím se zopakují a doplní znalosti z předmětu Organická chemie I a zároveň jsou ukázány obecné souvislosti. V přímé návaznosti je pak diskutována chemie základních přírodních stavebních bloků - sacharidů, peptidů, bílkovin a nukleových kyselin a chemie heterocyklických sloučenin.

Sylabus

  1. Organické reakce, rozdělení, reakční mechanismy, acidobazické rovnováhy.
  2. Nukleofilní substituce na nasyceném atomu uhlíku. Mechanismus, stereochemie.
  3. E1 a E2 eliminace. Mechanismus, stereochemie. Využití SN / E reakcí v syntéze.
  4. Oxidace a redukce v organické chemii.
  5. Aldehydy a ketony – reakce s nukleofily.
  6. Karboxylové kyseliny a jejich deriváty – substituce nukleofilní acylová.
  7. Chemie enolů a enolátů I – α-substituce.
  8. Chemie enolů a enolátů II – reakce aldolového typu.
  9. Radikálová substituce, radikálová a elektrofilní adice: reaktivita alkanů, alkenů, alkynů.
  10. Reaktivita konjugovaných systémů.
  11. Aromatické uhlovodíky. Elektrofilní substituce.
  12. Nukleofilní substituce aromatických sloučenin.
  13. Heterocykly. Základní typy pěti- a šestičlenných heterocyklů, příprava, reaktivita.
  14. Přírodní látky – přehled a struktura.
 2/2/0 z, Zk 5
B444004 Fyzika II

Anotace

Předmět Fyzika II navazuje na předmět Fyzika I a je věnován vybraným partiím z teorie elektromagnetického pole, kvantové mechaniky, fyziky pevných látek, jaderné fyziky a fyziky elementárních částic. Náplň předmětu je modifikována s ohledem na potřeby navazujících předmětů bakalářského studijního plánu.

Sylabus

  1. Inerciální a neinerciální vztažné systémy: Zdánlivé setrvačné síly. Relativistické dynamické veličiny v inerciálních systémech. Ekvivalence hmotnosti a energie.
  2. Elektromagnetické pole: Elektrostatické pole prostorového náboje, Gaussova věta. Indukované elektrické pole, indukované magnetické pole, zobecněný Ampérův zákon. Elektrické a magnetické pole v látkách, polarizace a magnetizace. Maxwellovy rovnice elektromagnetického pole.
  3. Elektromagnetické vlnění a jeho vlastnosti, přenos energie, intenzita vlnění. Polarizace elektromagnetického vlnění. Optická aktivita látek, polarimetr, cirkulární dichroismus.
  4. Duální vlastnosti hmoty a záření: Comptonův jev, De Broglieova vlnová délka, difrakce elektronů na krystalové mřížce, elektronový mikroskop. Princip neurčitosti.
  5. Základy kvantové mechaniky: Vlnová funkce a její vlastnosti, hustota pravděpodobnosti. Operátory - vlastní rovnice, vlastní číslo operátoru. Schrödingerova rovnice.
  6. Kvantové řešení jednoduchých případů I: Volná částice, částice v nekonečně hluboké pravoúhlé potenciální jámě, spektrum energie, degenerace hladiny energie.
  7. Kvantové řešení jednoduchých případů II: Tunelový jev, harmonický oscilátor, spektrum energie lineárního harmonického oscilátoru.
  8. Elektron v atomu vodíku: Bohrův popis atomu vodíku, energiové hladiny, spektrum atomu vodíku.
  9. Kvantové řešení atomu vodíku a atomů vodíkového typu: Vlnové funkce a kvantová čísla atomu vodíku, radiální hustota pravděpodobnosti. Konturové diagramy.
  10. Magnetické vlastnosti atomu: Spin elektronu, jemné štěpení hladin energie, Zeemanův jev. Spin-orbitální interakce.
  11. Mnohaelektronové atomy: Orbitální aproximace, efektivní náboj jádra, stínění. Výstavbový princip, Hundovo pravidlo, Pauliho vylučovací princip.
  12. Úvod do teorie pevných látek I: Pásová struktura hladin energie pevných látek. Fermi-Diracovo rozdělení, Fermiho energie. Vlastní a nevlastní polovodiče, přechod P-N.
  13. Úvod do teorie pevných látek II: Kontakt kov- polovodič, Schottkyho kontakt, termoelektrické jevy (Peltierův jev, Seebeckův jev), piezoelektrický jev, optoelektrické jevy, LED diody.
  14. Úvod do jaderné a částicové fyziky: Radioaktivní rozpad, radioaktivita, účinky ionizujícího záření, jednotky. Přehled a vlastnosti elementárních částic, typy silových interakcí.
 2/2/0 z, Zk 5

letní semestr

KódNázev předmětuP/C/LZakončeníKredity
Povinné předměty
B320024 Biochemie II

Anotace

Předmět tvoří nástavbu základního kurzu Biochemie I a měl by studenty přivést k širšímu chápání biologických a biochemických souvislostí. Jednotlivá témata přednášek jsou proto volena tak, aby uvedla do souvislosti poznatky z různých oblastí biochemie (metabolické pochody, regulace a signalizace, molekulová genetika, imunologie) a vysvětlila možnosti jejich praktického využití (například v klinické biochemii nebo vývoji nových léčiv).

Sylabus

  1. Biochemie a člověk aneb úvod do světa „omik“
  2. Koordinace metabolických funkcí v lidském organismu
  3. Regulační a signalizační mechanismy napříč organismy
  4. Proteiny a jejich 200 typů posttranslačních modifikací
  5. Enzymy – medicínské a biotechnologické aspekty jejich využití
  6. Principy fungování imunitního systému a související poruchy
  7. Význam protilátek v medicíně a dalších oborech
  8. Základy molekulové genetiky
  9. Praktické aspekty molekulové genetiky
  10. Základy klinické biochemie
  11. Zvaná přednáška
  12. Diskuse nad nevhodně či mylně prezentovanými biochemickými informacemi, výběr vhodných témat pro projekty
  13. Konzultace projektů
  14. Prezentace projektů
 2/0/0 Zk 3
B402011 Úvod do spektrálních metod

Anotace

Předmět uvádí základní přehled o spektrálních metodách používaných při analýze léčiv. Věnuje se jak metodám prvkové analýzy, tak dále detekci, identifikaci a kvantifikaci aktivních složek i pomocných látek pomocí metod molekulové spektroskopie. Pozornost je věnována i jednoduchému vyhodnocení dat - z hlediska kvalitativního pomocí knihoven spekter, - z hlediska kvantitativního pomocí jednoduchých regresních modelů.

Sylabus

  1. Rozdělení spektrálních metod podle principů a podle analytického využití
  2. Spektrální metody pro prvkovou analýzu léčiv – rentgenová fluorescenční analýza
  3. Kvantitativní rentgenová fluorescenční analýza
  4. Spektrální metody pro prvkovou analýzu léčiv – optická atomová spektroskopie
  5. Spektrální metody pro prvkovou analýzu léčiv – anorganická hmotnostní spektroskopie
  6. Metody molekulové spektroskopie – spektrofotometrie, luminiscenční metody
  7. Identifikaci aktivních složek a pomocných látek – použití knihoven a databází spekter
  8. Detekce a identifikaci aktivních složek a pomocných látek – infračervená spektrometrie
  9. Detekce a identifikaci aktivních složek a pomocných látek – Ramanova spektrometrie
  10. Spektrální metody pro identifikaci a kvantifikaci – NIR spektrometrie
  11. Metody molekulové spektrometrie pro kvantitativní analýzu léčiv
  12. NMR spektrometrie při analýze roztoků
  13. Kvantitativní NMR spektrometrie
  14. Hmotnostní spektrometrie pro identifikaci farmaceutických látek
 2/0/0 z, Zk 3
B143002 Základy bioinformatiky

Anotace

Tato přednáška seznámí studenty se základy bioinformatiky, což je multioborová disciplína kombinující počítačové vědy, statistiku a biologii. Bioinformatika se zabývá ukládáním, tříděním, vyhledáváním a především analýzou a interpretací rozsáhlých souborů biologických data. Mezi tato data patří např. sekvence nukleových kyselin a proteinů, jejich struktura, funkce či interakce. Studenti budou obeznámeni se základními koncepty bioinformatiky a nástroji výpočetní biologie. Na cvičeních bude pak demonstrováno použití a detaily bežně používaných online nástrojů a zdrojů.

Sylabus

  1. Shrnutí buněčné biologie
  2. Rekombinantní DNA technologie, mapy genomu, Sangerovo sekvenování
  3. Mapování a sekvenování genomu, projekt lidského genomu
  4. Párové zarovnání sekvencí – homologie a podobnost, základní principy zarovnání
  5. Párové zarovnání sekvencí – skórování, substituční matice PAM a BLOSUM, bodový diagram (dot plot)
  6. Vyhledávání v databázích sekvencí, BLAST
  7. Vícenásobné zarovnání sekvencí – skórování a tvorba
  8. Molekulárně-fylogenetická analýza – molekulární evoluce, fylogenetické stromy, evoluční modely, metody konstrukce fylogenetických stromů
  9. Struktura biomakromolekul – Protein Data Bank, klasifikace proteinových struktur – SCOP a CATH
  10. Predikce sekundární struktury proteinů
  11. Predikce terciární struktury proteinů – homologní modelování, threading, *ab initio* metody, CASP
  12. Struktura RNA a její predikce
 2/2/0 z, Zk 5
B319001 Biologie buňky

Anotace

Předmět Biologie buňky je zaměřen na prohloubení znalostí obecné biologie a biologie buňky s důrazem na pochopení principiální podstaty klíčových buněčných dějů a jejich provázanosti. Diskutovány jsou jak obecné mechanismy, tak konkrétní děje a struktury specifické pro vybrané buněčné typy, eukaryotní i prokaryotní. Součástí Biologie buňky je také představení základních a pokročilých metodik analýzy individuálních buněk a buněčných populací.

Sylabus

  1. Úvod do biologie buňky – organismální a procesní diversita, modelové organismy
  2. Struktura prokaryotní buňky – bakterie, archaea
  3. Bakterie – membránový transport
  4. Bakteriální růst a dělení buněk
  5. Bakteriální diferenciace a dormance, komunikace a odpověď na změny prostředí
  6. Eukaryotní buňka živočišná: buněčná kompartmentace a transport proteinů, exocytosa, endocytosa
  7. Eukaryotní buňka živočišná: cytoskelet, struktura buněčného povrchu
  8. Architektura buněčného jádra, transport látek přes jaderný pór
  9. Mezibuněčné interakce - signalizace
  10. Struktura a kondenzace eukaryotního chromatinu
  11. Buněčný cyklus a jeho regulace
  12. Struktura rostlinné buňky, její růst a reprodukce
  13. Struktura a reprodukce buněk kvasinek a hub
  14. Nástroje zobrazování a analýzy buněk a jejich populací
 2/0/0 z, Zk 3
B500004 FIT Databázové systémy

Anotace

Studenti se seznámí se standardní architekturou databázového stroje a typickými uživatelskými rolemi. Naučí se navrhovat strukturu menšího datového úložiště (včetně integritních omezení) pomocí konceptuálního modelu a poté je implementovat v relačním databázovém stroji. Prakticky se seznámí s jazykem SQL a také s jeho teoretickým základem - relačním databázovým modelem. Seznámí se s principy normalizace relačního databázového schématu. Pochopí základní koncepce transakčního zpracování a řízení paralelního přístupu uživatelů k jednomu datovému zdroji. V závěru předmětu budou studenti uvedeni do tématiky nerelačních databázových modelů.

Sylabus

  1. Základní principy databázových systémů, architektura databázového stroje.
  2. Konceptuální, databázová a fyzická úroveň pohledu na data.
  3. Konceptuální datový model. Základní konstrukty, vyjádření integritních omezení.
  4. Relační datový model. Relace, atributy, domény, schéma relační databáze, relační algebra.
  5. Úvod do jazyka SQL: základy příkazu SELECT, základy jazyka SQL DDL.
  6. Návrh relačního schématu přímou transformací z konceptuálního schématu.
  7. Jazyk SQL - pokročilé dotazování: agregace, vnořené dotazy, množinové operace.
  8. Jazyk SQL - části DCL, DML, TCL.
  9. Transakce, zotavení z chyb, koordinace paralelního přístupu, ochrana dat.
  10. Funkční závislosti, normální formy relací, normalizace relačního schématu dekompozicí.
  11. Fyzická úroveň pohledu na data. Indexy a jejich využití v relačních databázích. Základy optimalizace SQL dotazů.
  12. Nerelační databázové modely. Trendy v oblasti databází.
  13. Přístup aplikací k (relační) databázi. Úvod do konceptu softwarového inženýrství.
 2/3/0 z, Zk 5
B413003 Základy statistiky

Anotace

Základní kurz statistiky je určen studentům bakalářského studia. Studenti částečně zvládnou spolu s některými pravděpodobnostními pojmy základní statistické metody v rozsahu potřebném pro pochopení složitějších statistických metod v ostatních předmětech. Ke zpracování dat bude používán software R. Software R je programovací jazyk určený zejména ke statistickým výpočtům a grafickým výstupům. Jedná se o volně dostupný software s kvalitní nápovědou, navíc díky jeho velké oblíbenosti ve statistické komunitě lze nalézt mnoho blogů s návody, radami a ukázkovými příklady.

Sylabus

  1. Náhodné jevy, pravděpodobnost a její vlastnosti, nezávislost jevů, podmíněná pravděpodobnost
  2. Náhodné veličiny, jejich rozdělení a charakteristiky
  3. Některá speciální rozdělení (především normální)
  4. Náhodné vektory a jejich rozdělení, korelace a nezávislost náhodných veličin
  5. Průměr velkého počtu náhodných veličin — centrální limitní věta, silný zákon velkých čísel
  6. Náhodný výběr, bodový odhad střední hodnoty a rozptylu, metoda maximální věrohodnosti a bayesovský přístup
  7. Intervalový odhad — způsob stanovení, správná interpretace
  8. Testování statistických hypotéz — základní princip, chyby testování a jejich pravděpodobnosti, interpretace výsledků (p-hodnota), základní parametrické a neparametrické testy
  9. ANOVA
  10. Test nezávislosti kvantitativních náhodných veličin (test nulovosti korelačního koeficientu)
  11. Chí-kvadrát test dobré shody, test nezávislosti v kontingenční tabulce
  12. Regresní model — lineární, vícenásobná a nelineární regrese
 1/2/0 z, Zk 4
B143009 Lineární algebra a matice

Anotace

Metody lineární algebry a operace s maticemi jsou klíčovými stavebními prvky nejrůznějších přístupů k analýze a predikci dat. Jejich znalost je tedy nezbytná v oborech jako je vícerozměrná statistika nebo strojové učení. Předmět je úvodem do lineární algebry a teorie matic. Cílem je prezentovat nejen praktické postupy pro řešení konkrétních úloh, ale i obecnější teoretický základ, který umožní studentům orientovat se samostatně v méně standardních problémech. Teoretický výklad doplní praktické příklady ilustrující jednotlivé pojmy a metody.

Sylabus

  1. Čísla, zobrazení, polynomy
  2. Vektorový prostor
  3. Báze, dimenze, podprostor
  4. Lineární zobrazení
  5. Matice lineárního zobrazení
  6. Lineární rovnice, inversní matice, změna báze
  7. Determinant
  8. Norma a skalární součin
  9. Metoda nejmenších čtverců
  10. Operátory na prostoru se skalárním součinem
  11. Vlastní čísla a vektory
  12. Spektrální věta
  13. Kvadratické formy
  14. Faktorizace matic
 2/1/0 z, Zk 4
Povinně volitelné předměty
B320006 Bioanalytické metody

Anotace

Cílem předmětu je seznámit studenty s principy a aplikacemi analytických přístupů využívajících specifické interakce mezi biomolekulami. Důraz je kladen na metody poskytující vysokou specifitu (biospecificitu), citlivost a nízký detekční limit, které jsou klíčové pro analýzu složitých biologických vzorků. Studenti získají teoretické základy i přehled praktického využití enzymatických metod, elektromigračních technik, imunochemických přístupů, genetických metod (zejména polymerasové řetězové reakce a jejích variant), metod proteomiky a dalších biochemických či mikrobiologických analýz. Cílem je připravit studenty na samostatné uvažování o výběru a použití vhodných bioanalytických metod v rámci výzkumné, klinické nebo diagnostické praxe.

Sylabus

  1. Úvod - definice bioanalytických metod, základy izolace a stabilita biologického materiálu.
  2. Enzymové metody - enzymy jako analytická činidla, stanovení substrátů a aktivátorů, enzymové metody v klinické a experimentální praxi.
  3. Imunochemické metody - princip, charakterizace interakce antigen-protilátka, příprava a použití protilátek, imunoprecipitační metody a jejich využití v praxi, citlivé techniky (ELISA), metody využívající radionuklidy.
  4. Elektroforetické metody - princip, SDS elektroforéza, isoelektrická fokusace, blotovací techniky, charakterizace analytů po dělení elektroforetickými metodami, barevná a chemiluminiscenční detekce.
  5. Genetické metody - princip, polymerasová řetězová reakce (PCR), detekce specifických sekvencí produktu in situ, stanovení primární sekvence nukleových kyselin.
  6. In vitro techniky - Použití buněčných linií v bioanalytických metodách, biochemické a mikrobiologické metody v analytické chemii.
  7. Chromatografické techniky - kapalinová a plynová chromatografie, bioafinitní chromatografie.
  8. OMICS metody - globální charakterizace a kvantifikace biomolekul.
  9. Detekční limity a použití vybraných bioanalytických metod.
 2/0/0 z, Zk 3
B111011 Výzkum a vývoj léčiv

Anotace

Předmět představuje jednotlivé úseky výzkumu a vývoje léčiv od hledání aktivních struktur až po (pre)klinické hodnocení. Klade důraz na vzájemné vztahy mezi biologickou aktivitou léčiva, jeho chemickou strukturou a fyzikálně-chemickými vlastnostmi.

Sylabus

  1. Historický vhled do problematiky výzkumu a vývoje léčiv
  2. Proces vývoje nového léčiva, jednotlivé etapy, preklinický a klinický vývoj
  3. Metody výzkumu, moderní trendy, biotechnologická léčiva, řízení výzkumu a vývoje
  4. Strategie vývoje generických přípravků, vztahy mezi etickými a generickými firmami
  5. Význam struktury léčiva vzhledem k jeho účinku, strukturní modifikace
  6. Osud léčiva v organismu, farmakokinetické aspekty
  7. Farmakodynamické souvislosti, interakce léčivo-receptor
  8. Fyzikálně-chemické vlastnosti léčiv a jejich parametrizace
  9. Využití a praktický význam QSAR, regresní analýza, QSAR deskriptory
  10. Interpretace regresních vztahů, pokrytí parametrového prostoru, nezávislost proměnných, kolineární vztahy, výběr strukturních změn
  11. Vybrané moderní přístupy k hodnocení QSAR, metoda CoMFA, podobnostní modely, výhledávání vůdčích struktur, molekulové modelování
 2/0/0 z, Zk 3

3. ročník

zimní semestr

KódNázev předmětuP/C/LZakončeníKredity
Povinné předměty
B320015 Molekulová genetika a analýza DNA

Anotace

Předmět je zaměřen na pochopení principů dědičnosti organismů, zejména mechanismy a regulace předávání genetické informace a genové exprese u prokaryotických buněk a eukaryotických organismů. Zvláštní důraz je kladen na hlavní regulační procesy zprostředkované proteiny a regulačními molekulami RNA. Cílem je také porozumění proměnlivosti genetické informace v důsledku mutací a rekombinací. Předmět poskytuje informace o nejdůležitějších metodách analýzy DNA jako PCR, identifikace jedince a sekvenování DNA. Studenti se seznámí se základními principy farmakogenomiky.

Sylabus

  1. Historický přehled a základní genetické zákony a pojmy
  2. Struktura a funkce nukleových kyselin, organizace genomu
  3. Prokaryotická replikace, DNA polymerasy, replisomový komplex
  4. Eukaryotická replikace, DNA polymerasy, replisomový komplex
  5. Rekombinace, genová segregace
  6. Mutace
  7. Opravné mechanismy
  8. Analýza DNA – PCR, identifikace osob, sekvenování DNA
  9. Regulace prokaryotické transkripce
  10. Eukaryotická transkripce
  11. Posttranskripční modifikace RNA, regulační role RNA
  12. Translace I
  13. Translace II, posttranslační modifikace
  14. Základy farmakogenomiky
 2/0/0 Zk 4
B143004 Bioinformatický seminář I

Anotace

V průběhu semináře se každý student seznámí s problematikou představenou ve vybraných vědeckých článcích, jejichž tematika a použité metody jsou blízké jeho bakalářské práci. Na toto téma student zpracuje písemnou prezentaci. Dále připraví a přednese ústní prezentaci spojenou s diskusí.

Sylabus

  1. Zadání témat
  2. Zdroje informací v bioinformatice
  3. Grafická presentace vědeckých dat
  4. Proces publikování vědeckých dat - peer review
  5. Proces publikování vědeckých dat - technické náležitosti
  6. Presentace výsledků a rétorika
  7. Příprava a prezentace projektů
 0/3/0 kz 3
B143001 Chemická informatika

Anotace

Předmět je zaměřen na získání základních nezbytných dovedností pro práci s odbornou chemickou literaturou, chemickými i multioborovými databázemi. Základní součástí je série "hands-on" cvičení, kde studenti získají praktické dovednosti.

Sylabus

  1. Seznámení s předmětem, tok informací a peněz ve vědě
  2. Struktura odborného článku, typy odborných časopisů
  3. Identifikátory publikací - ISBN, ISSN, DOI. Booleova algebra, Internetové vyhledávače
  4. Citace, citační databáze: Web of Science, Scopus
  5. Zápis struktury chemických sloučenin - spojovací tabulky, lineární zápisy, identifikátory
  6. Chemical Abstracts - historie, struktura původního díla. SciFinder - úvod, bibliografické hledání
  7. Chemical Abstracts - chemické sloučeniny - názvosloví, CAS RN, sumární vzorce. Bibliografická data u jednotlivých typů dokumentů. SciFinder - hledání strukturní a reakční
  8. Beilstein a Gmelin - historie. Databáze Reaxys
  9. Patenty - proces patentového řízení
  10. Normy - vznik normy, typy norem. ČSN, ISO, CEN
  11. Proces publikování - minulost, současnost, budoucnost. Open access
  12. Autorské právo
  13. Exkurze v Národní technické knihovně
 1/1/0 kz 2
B320008 Laboratoř programu Bioinformatika II

Anotace

Předmět umožňuje získání praktických dovedností v základních metodách, které jsou rutinně využívány v molekulárně-biologické praxi a vedou k získávání dat, které často podléhají bioinformatickému zpracování. Cílí zejména na metody izolace a analýzy sekvencí DNA a elektroforetické separace cílových proteinů, ale představuje i zásady správné laboratorní praxe, organizace a interpretace experimentu a poskytuje i další náhled na teoretické poznatky, které si posluchači osvojovali v předchozím studiu.

Sylabus

  1. Bezpečná práce v laboratoři, správná laboratorní praxe a záznam o vedeném experimentu
  2. Seznámení s organizací práce a zásadami používání specifických pomůcek a reagencií
  3. Izolace plasmidové DNA v malém měřítku
  4. Restrikční štěpení plasmidové DNA
  5. Elektroforetická analýza štěpeného plasmidu
  6. Polymerasová řetězová reakce (PCR)
  7. Elektroforetické ověření správnosti amplikonu PCR
  8. Reakce pro sekvenování DNA
  9. Analýza produktů sekvenační reakce a čtení sekvence DNA
  10. Příprava buněčného extraktu producenta rekombinantního proteinu
  11. Elektroforetický separace buněčného extraktu a izolovaného rekombinantního proteinu
  12. Zaznamenání a interpretace výsledku separace proteinů
  13. Diskuse možností změn podmínek experimentů a jejich vlivu na výsledek
  14. Zpracování výsledků do závěrečného protokolu
 0/0/2 kz 1
B500010 FIT Strojové učení I

Anotace

Cílem předmětu je seznámit studenty se základními metodami strojového učení. Studenti teoreticky porozumí a naučí se prakticky používat modely vhodné pro regresní i klasifikační úlohy ve scénáři učení s učitelem a také modely shlukování ve scénáři učení bez učitele. V předmětu bude také probrán vztah mezi vychýlením a variancí modelů (bias-variance trade-off) a vyhodnocování kvality modelů. Kromě toho se studenti naučí základní techniky předzpracování a vizualizace dat. Na cvičeních se k práci s daty a modely budou využívat knihovny pandas a scikit pro jazyk Python.

Sylabus

  1. Úvod a základní koncepty strojového učení
  2. Supervizované učení, klasifikační úloha, rozhodovací stromy
  3. Regresní úloha, Metoda nejbližších sousedů pro klasifikaci i regresi
  4. Lineární regrese - metoda nejmenších čtverců
  5. Lineární regrese - geometrická interpretace, numerické problémy
  6. Hřebenová regrese, vztah vychýlení a rozptylu (bias-variance trade-off)
  7. Logistická regrese
  8. Ensemble metody - náhodné lesy, AdaBoost
  9. Evaluace modelů, křížová validace
  10. Výběr příznaků
  11. Nesupervizované učení, asociační pravidla
  12. Hierarchická shlukování a algoritmus k-means
 2/2/0 z, Zk 5
B500005 FIT Automaty a gramatiky

Anotace

Studenti získají základní teoretické a implementační znalosti o konstrukci, použití a vzájemných transformací konečných automatů, regulárních výrazů a regulárních gramatik, o použití bezkontextových gramatik a konstrukci a použití zásobníkových automatů a o překladových gramatikách automatech. Znají hierarchii formálních jazyků a rozumějí vztahům mezi formálními jazyky a automaty. Jsou seznámeni s Turingovým strojem a s třídami složitosti P a NP.

Sylabus

  1. Základní pojmy, Chomského hierarchie.
  2. Deterministické a nedeterministické konečné automaty.
  3. Operace s automaty.
  4. Regulární výrazy.
  5. Převody mezi regulárními gramatikami, regulárními výrazy a konečnými automaty.
  6. Vlastnosti regulárních jazyků.
  7. Bezkontextové gramatiky.
  8. Zásobníkové automaty. Syntaktická analýza.
  9. Překladové gramatiky a automaty.
  10. Jazyky kontextové, rekurzivně spočetné a rekurzivní. Turingův stroj.
  11. Časová složitost, třídy P a NP.
  12. Programová a obvodová realizace konečných automatů.
  13. Konečný automat jako lexikální analyzátor.
 2/2/0 z, Zk 5
B143011 Aplikovaná bioinformatika a cheminformatika

Anotace

Předmět poskytne studentům vhled do praktického využití bioinformatiky a cheminformatiky, naučí je pracovat se základními softwarovými nástroji nezbytnými pro klíčové úkony v těchto oblastech, rozvine analytické myšlení pro řešení reálných problémů v praxi a propojí dovednosti získané během dosavadního studia.

Sylabus

  1. Úvod do bioinformatiky a cheminformatiky. Případové studie z literatury a praxe.
  2. Bioinformatika 1 – obsah bude doplněn.
  3. Bioinformatika 2 – obsah bude doplněn.
  4. Bioinformatika 3 – obsah bude doplněn.
  5. Bioinformatika 4 – obsah bude doplněn.
  6. Bioinformatika 5 – obsah bude doplněn.
  7. Základní nástroje cheminformatiky {molekulová podobnost; strukturní identifikátory (InChI, SMILES); knihovna RDKit}
  8. Virtuální screening {předzpracování chemických struktur; hledání podobných molekul (pomocí fingerprintů a farmakoforových modelů); vizualizace chemického prostoru}
  9. QSAR modelování {ML metody ve virtuálním screeningu; manifestace typických ML problémů na chemických datech; specifika validace ML modelů na chemických datových množinách}
  10. Molekulové dokování {důležité protein-ligand interakce; základy molekulového modelování (sílová pole, skórovací funkce); aplikace dokování při virtuálním screeningu}
  11. Zadání a zpracování samostatného projektu
  12. Prezentace projektu
 2/2/0 kz 5
Povinně volitelné předměty
B403011 Počítačová chemie

Anotace

Předmět je exkurzí do moderní počítačové chemie. Polovina předmětu je věnována nezbytné teorii, druhá polovina jsou ukázky a cvičení. Předmět pokrývá kvantovou chemii (se cvičením v programu Gaussian), molekulové simulace (MACSIMUS), počítačovou biochemii (PyMOL) a databáze vlastností látek.

Sylabus

  1. Úvod do počítačové chemie
  2. Od elektronů k molekulám: hyperplocha potenciální energie a její výpočet metodami kvantové chemie
  3. Struktura molekul a molekulových komplexů
  4. Energetika chemické reakce v plynné fázi a v roztoku (reakční energie, aktivační energie)
  5. Výpočet molekulových vlastností (elektrické vlastnosti, spektroskopické charakteristiky)
  6. Klasické molekulární modelování, popis molekul pomocí silového pole; struktura a radiální distribuční funkce
  7. Pseudoexperimenty metodou Monte Carlo a molekulární dynamiky
  8. Laboratoř molekulární dynamiky I: model NaCl, krystal, tavenina, stanovení bodu tání modelu NaCl
  9. Laboratoř molekulární dynamiky II: solvatace a struktura vody okolo různých iontů i nepolárních rozpuštěnců
  10. Zajímavosti ze světa moderní genomiky a proteomiky
  11. Strukturní bioinformatika a strukturní databáze
  12. Vizualizace biomakromolekul v programu PyMol
  13. Databáze fyzikálně-chemických vlastností látek
  14. Seminář: prezentace studentských úloh
 2/0/0 Zk 3
B111008 Biologie člověka

Anotace

Cílem předmětu je seznámit studenty se základy biologie člověka a lékařské genetiky, tzn. se zákonitostmi dědičnosti, její hmotnou podstatou, s možností zjišťování a prevence dědičných chorob a vrozených vývojových vad. Prohloubení znalostí o vývoji člověka, o příčinách individuálních rozdílů fyzických a duševních vlastností.

Sylabus

  1. Buňka, eukaryotní buňka, tkáň, organismus; Mitóza, meióza, gametogeneze; klinické důsledky poruch meiózy, nondisjunkce.
  2. Mendelovy zákony, vymezeni pojmů: gen, alely, genotyp, fenotyp, monogenní dědičnost interakce nealelních genů, polygenní dědičnost.
  3. Cytogenetika – chromosom, karyotyp člověka; Cytogenetické metody – pruhování, metoda FISH; Chromosomální odchylky.
  4. Interakce nealelních genů; Multifaktoriální dědičnost – polygeny / vlivy prostředí; Multifaktoriálně děděné fyziologické znaky a choroby; Multifaktoriálně děděné choroby a stárnutí organismu.
  5. Genetika populací, selekce, mutace, migrace; Genetická variabilita lidské populace; Genetický drift; Haplotyp; Polymorfismy; Evoluce člověka a její mechanismy.
  6. Vazba genů, crossing-over, mapování; využití vazby v rodokmenové studii – nepřímá diagnostika – úvod.
  7. Molekulární podstata uchování a přenosu genetické informace; Gen; Genetický kód; Bodové mutace.
  8. Základy molekulární genetiky, molekulární podstata uchování a přenosu genetické informace. Základy molekulární genetiky. Analýza nukleových kyselin, DNA diagnostika přímá a nepřímá.
  9. Hodnocení DNA diagnostiky. RFLP, sekvenování. Seznámení s vybavením laboratoře (elektroforéza, termocykler, sekvenátor atp.).
  10. Ontogeneze; Diferenciace pohlaví. Teratogeny; Stárnutí organismu; Farmakogenetika, nutrigenetika.
  11. Regulace buněčného cyklu, buněčná signalizace; Protoonkogeny, tumor-supresorové geny, mutátorové geny.
  12. Nádorová onemocnění - genetická podstata, vlivy prostředí, nové přístupy k terapii; Personifikovaná léčba.
  13. Imunogenetika; Imunita, buněčné složky imunitní odpovědi; Genetická regulace imunitní odpovědi.
  14. Imunogenetika - Histokomatibilitní lokusy; Imunofenotyp, haplotyp; Transplantační zákony; GVHD; Asociace chorob a imunofenotypu; Autoimunitní reakce.
 2/1/0 z, Zk 4

letní semestr

KódNázev předmětuP/C/LZakončeníKredity
Povinné předměty
B963001 Bakalářská práce

Anotace

Cílem bakalářské práce je prokázat schopnost studentů samostatně vyřešit zadané téma práce, popsat metody a výsledky řešení, kriticky zhodnotit a diskutovat získané výsledky, formulovat nejdůležitější závěry. Práce typicky sestává z literární části, v níž student vypracuje literární rešerši z odborné, převážně cizojazyčné literatury, při níž si rozšíří teoretické znalosti v oblasti tématu bakalářské práce, a části praktické. Praktická část mívá zpravidla experimentální, méně často výpočetní nebo interpretační charakter, ale vždy vyžaduje aktivní aplikaci znalostí a dovedností získaných v předchozím studiu k tomu, aby byly získány požadované výsledky. Součástí práce musí být přehledná a adekvátní prezentace dosažených výsledků, jejich kritické zhodnocení a diskuse v kontextu současného stavu poznání, prezentovaného v literární části, a formulace závěrů, dokumentujících splnění cílů práce.

Sylabus

  1. Zpracování literární části bakalářské práce
  2. Návrh a vypracování praktické části bakalářské práce
  3. Přehledné zpracování a srozumitelné vyhodnocení dat v tabulkách a v grafech
  4. Komentáře výsledků praktické části, formulace závěrů
  5. Seznámení se zásadami formální úpravy bakalářské práce
  6. Seznámení se zásadami ústní prezentace obsahu a výsledků bakalářské práce
 0/12/0 z 15
B500009 FIT Jazyk SQL, pokročilý

Anotace

Předmět navazuje na znalosti získané v předmětu BI-DBS, kde se proberou základy jazyka SQL. V tomto předmětu se studenti seznámí s pokročilými relačními a nad-relačními rysy jazyka SQL. Konkrétně uložené programové jednotky, jako jsou procedury, funkce, package a triggery. Rekurzivní dotazování, podpora OLAP, objektově-relační konstrukce, Část předmětu bude věnována praktické optimalizaci provádění příkazů SQL jednak z hlediska specializovaných podpůrných struktur jako jsou indexy, clustery, indexem organizované tabulky a materializované pohledy a také z hlediska optimalizace provedení příkazů - diskutovat se bude prováděcí plán dotazu a možnosti jeho ovlivnění. Na přednáškách bude prezentován standard jazyka SQL, mnohé specifické rysy však budou demonstrovány v ORDBMS Oracle. Praktická cvičení budou z větší části založena na Oracle SQL a Oracle PL/SQL.

Sylabus

  1. a) Úvod, program předmětu, stručné shrnutí předpokládaných znalostí SQL, příkaz MERGE, podpora OLAP. b) Program cvičeni, organizace, struktura a požadavky na semestrální praci, procvičení MERGE a GROUP BY CUBE (ROLLUP)
  2. a) Ladění SQL dotazů, prováděcí plán, možnosti jeho ovlivnění b) procvičení metodologie ladění SQL
  3. a) Uložené programové jednotky - procedura, jazyk PL/SQL b) Procvičení probraných konstruktů PL/SQL, kontrola 1. části semestrální práce
  4. a) Uložené programové jednotky - funkce, jazyk PL/SQL b) Procvičení probraných konstruktů PL/SQL, samostatná práce na semestrálce
  5. a) Uložené programové jednotky - trigger, jazyk PL/SQL b) Procvičení probraných konstruktů PL/SQL, samostatná práce na semestrálce
  6. a) Uložené programové jednotky - package, jazyk PL/SQL b) Praktické procvičení probraných konstruktů PL/SQL, samostatná práce na semestrálce
  7. Konzultace semestrální práce, kontrola 2. části
  8. a) Vestavěné uložené programové jednotky - standardní package, jazyk PL/SQL b) Použití vybraných standardních package pro řešení úloh semestrálky
  9. a) Ladění SQL dotazů do hloubky, možnosti jeho ovlivnění prováděcího plánu b) Praktické řešení připravených příkladů a samostatná práce na semestrálce
  10. a) Rekurzivní dotazování b) Praktické řešení připravených příkladů a samostatná práce na semestrálce
  11. Semestrální písemná práce
  12. a) Specializované struktury pro rychlý přístup k datům b) Použití exportu a importu dat v SQLDeveloper a v SQLPlus c. Praktické řešení připravených příkladů a samostatná práce na semestrálce
  13. Konzultace semestrální práce, závěrečná kontrola semestrálky
  14. a) Objektově relační rysy, b) Praktické ukázky řešených příkladů, závěrečná kontrola semestrálky s udělením zápočtů.
 0/3/0 kz 4
B500011 FIT Strojové učení II

Anotace

Cílem předmětu je seznámit studenty s vybranými pokročilejšími metodami strojového učení. Ve scénáři učení s učitelem se jedná zejména o jádrové metody a neuronové sítě. Ve scénáři učení bez učitele se jedná o analýzu hlavních komponent a další metody redukce dimenzionality. Kromě toho se studenti obeznámí se základy posilovaného učení a strojového zpracování přirozeného jazyka.

Sylabus

  1. Lineární model bázových funkcí, jádrová regrese
  2. Metoda podpůrných vektorů (SVM) pro klasifikaci
  3. Redukce dimenzionality - analýza hlavních komponent (PCA)
  4. Redukce dimenzionality - lineární diskriminační analýza, lokálně lineární vnoření
  5. Generativní modely - naivní Bayes
  6. Neuronové sítě - perceptron, vícevrstvý perceptron, hluboké učení
  7. Neuronové sítě - zpětné šíření chyby, regularizace
  8. Neuronové sítě - konvoluční neuronové sítě
  9. Neuronové sítě - rekurentní neuronové sítě, moderní metody
  10. Posilované učení - úvod, mnohoruký bandita
  11. Posilované učení - markovův rozhodovací proces
  12. Strojové zpracování přirozeného jazyka
 2/2/0 z, Zk 5
B143005 Bioinformatický seminář II

Anotace

V rámci Bioinformatického semináře II budou mít studenti možnost diskutovat a řešit problémy vzniklé při tvorbě bakalářských prací. Nedílnou součástí semináře je též "nácvik" obhajoby bakalářské práce, tj. příprava odborné prezentace a její přednesení před publikem.

Sylabus

  1. Prezentace témat bakalářských prací
  2. Identifikace problémů při řešení bakalářských prací
  3. Konzultace a řešení problémů
  4. Příprava obhajoby bakalářské práce
  5. Prezentace bakalářské práce a její obhajoba před publikem
 0/3/0 kz 3