Magisterské studium
Informace o přijímacím řízení pro akademický rok 2025/2026
Počet studentů přijímaných do studijního programu není omezen. Informaci o kapacitě ignorujte!
Studijní plán
1. ročník
zimní semestr
Kód | Název předmětu | P/C/L | Zakončení | Kredity |
---|---|---|---|---|
Povinné předměty | ||||
M320043 | Molekulové modelování
AnotacePředmět představuje teoretické základy a praktické ukázky použití metod počítačového studia molekulárních systémů, konkrétně metod molekulové a kvantové mechaniky. Z hlediska studovaných systému je zahrnuto jak studium malých molekul, tak i biomolekul a nadmolekulárních systémů. Sylabus
|
2/0/0 | Zk | 3 |
M143003 | Genomika: algoritmy a analýza
AnotaceCílem předmětu je srozumitelnou formou poskytnout studentům základní přehled současných "high-throughput" sekvenačních technik, jejich principy a instrumentace. Zvláštní důraz bude kladen na popis jednotlivých aplikací jako je: ChIP-Seq, RNA-Seq, resekvenace, metagenomika, de-novo sekvenace a další. Přednášky budou následně zaměřeny na představení scénáře kompletní analýzy dat pro jednotlivé aplikace. Tyto scénáře budou dále demonstrována na praktických příkladech během cvičeních. Studenti by se během předmětu měli seznámit se základními znalostmi jako je kvalita čtení ("base calling") a její kontrola, používané datové formáty a standardy, pokročilé programové nástroje a vhodnost jejich aplikace pro řešení konkrétních problémů, mapování sekvenčních dat, skládání krátkých a dlouhých sekvenčních dat, identifikace SNP a funkční anotace. Sylabus
|
2/2/0 | z, Zk | 5 |
M319001 | Molekulární biologie
AnotacePředmět je věnován studiu buněčných procesů na molekulární úrovni a je koncipován tak, aby absolventi obdrželi základní znalosti pro pochopení komplexního fungování eukaryotických buněk v mnohobuněčných organismech. Sylabus
|
2/0/0 | Zk | 3 |
M320017 | Genové inženýrství
AnotacePředmět je zaměřen na pochopení principů manipulací s nukleovými kyselinami a jejich analýzy. Zahrnuje informace o způsobech vnášení genů do různých typů buněk, zjišťování genové exprese, izolace a analýzy produktů exprese. Cílem je podat ucelenou informaci o pestré škále technik genového inženýrství pro orientaci při výběru optimálních metod pro konkrétní aplikaci. Proto jsou zde zahrnuty jak základní metody izolace a modifikace nukleových kyselin, tak speciální aplikace, jako modifikace genů pro identifikaci, či purifikaci genového produktu, studium interakcí proteinů a nukleových kyselin, či genové terapie. Sylabus
|
2/0/0 | Zk | 3 |
M143002 | Statistická analýza dat
AnotacePřednášky rozšiřují znalosti získané v předmětu Aplikovaná statistika o praktické využití nejrozšířenějšího volně dostupného statistického softwaru R. R je moderní snadno rozšiřitelné prostředí pro analýzu dat nabízející celou řadu statistických technik a kvalitních grafických výstupů. Studenti se prakticky obeznámí s použitím systému R pro běžné statistické úkony, jako jsou např. exploratorní analýza dat, testování hypotéz, analýza rozptylu či regresní analýza. Sylabus
|
2/2/0 | z, Zk | 5 |
M143010 | Praktikum z bioinformatiky
AnotaceÚkolem předmětu je prakticky si vyzkoušet dostupné bioinformatické nástroje a prohloubit své programátorské schopnosti na poli bioinformatiky. Používaným programovacím jazykem je Python. Sylabus
|
0/0/3 | kz | 3 |
M500001 FIT | Efektivní vyhledávání v textech
AnotaceStudenti získají znalosti efektivních algoritmů vyhledávání v textových informacích. Naučí se pracovat s tzv. zhuštěnými datovými strukturami, které vynikají jak rychlostí přístupu tak úsporou místa v paměti. Získané znalosti budou schopni uplatnit při návrhu aplikací zabývajících se vyhledáváním v textu. Sylabus
|
2/1/0 | z, Zk | 4 |
Povinně volitelné předměty | ||||
M445021 | Statistické rozpoznávání
AnotacePředmět je zaměřen na využití matematické statistiky při rozpoznávání obrazů. Důraz je kladen na základní pojmy, souvislosti s matematickou stastistikou, programovacími technikami, práci s odbornou literaturou, realnými daty a na rozvoj technické invence při konstrukci příznakového popisu. Sylabus
|
2/2/0 | z, Zk | 5 |
M320079 | Bioinformatické zpracování dat
AnotaceCílem předmětu je seznámit studenty se základy strojového zpracování experimentálních dat menšího až středního rozsahu. Důraz je kladen na zpracování hrubých dat, jejich transformace a export nebo jejich vizualizace. Sylabus
|
1/2/0 | z, Zk | 4 |
letní semestr
Kód | Název předmětu | P/C/L | Zakončení | Kredity |
---|---|---|---|---|
Povinné předměty | ||||
M143007 | Počítačový návrh léčiv
AnotaceCílem předmětu je seznámit studenty se základními principy a metodami molekulární informatiky a cheminformatiky, které se zabývají ukládáním a analyzováním vztahů mezi malými molekulami a biomolekulami. Studenti budou též obeznámeni se základními koncepty příbuzného oboru počítačového návrhu léčiv. Přednášená témata pokrývají např. oblasti vyhodnocování podobnosti mezi molekulami a konstrukce chemických knihoven, predikce biologické aktivity ze struktury, virtuální testování biologické akivity či predikce farmakokinetických a toxikologických vlastností sloučenin. Sylabus
|
2/2/0 | z, Zk | 5 |
M143017 | Semestrální projekt
AnotaceV rámci tohoto předmětu vypracuje student, pod vedením určeného školitele, písemnou rešerši na zvolené téma. Toto téma souvisí s vědeckou činností Ústavu informatiky a chemie a student se tak s předstihem seznámí s vědeckými výsledky, které budou výchozím bodem řešení jeho diplomové práce. Vypracovaná rešerše bude použita jako součást teoretické části diplomové práce. Výsledky rešerše bude student na konci semestru ústně prezentovat před širším vědeckým publikem. Sylabus
|
0/5/0 | kz | 3 |
M143004 | Analýza genové exprese
AnotaceTato přednáška seznámí studenty se základními typy funkčně genetických dat. K nim patří především data získaná kvantifikací specifických nukleových kyselin polymerázovou řetězovou reakcí (RT-qPCR), data z profilování na DNA čipech a data získaná pomocí vysoce výkonného sekvenování. Studenti se naučí data předzpracovat očištěním od technologických artefaktů a převedením do standardizovaného tvaru. Dále budou studenti obeznámeni se specifickými metodami explorativní analýzy dat a statistickými metodami používanými při zpracování mnohorozměrných genomických dat. S použitím genových ontologií se studenti naučí získané výsledky biologicky interpretovat. Studenti budou také seznámeni se způsoby vizualizace a archivace dat. Na cvičeních budou studenti prohlubovat získané znalosti na skutečných příkladech a naučí se ovládat běžně používané analytické nástroje a zdroje. Sylabus
|
2/1/0 | z, Zk | 4 |
M143013 | Strukturní bioinformatika
AnotaceTato přednáška seznámí studenty se strukturní bioinformatikou - multioborovou disciplínou která těží ze znalosti prostorových struktur biomolekul získanými experimentálními metodami X-Ray, NMR a elektronovou mikroskopií. Jejich velký počet ve strukturních databázích (odhadem 130 000 struktur) dovoluje aplikovat kombinaci výpočetních a statistických metod k získání principů, podle kterých se tvorba prostorové struktury řídí. Tyto principy jsou poté využívány k predikci či modelování struktur, a to ve spojení s principy fyzikální chemie. Studenti budou seznámeni se základními koncepty strukturní bioinformatiky, statistickými metodami, dostupnými nástroji na analýzu a predikci. Sylabus
|
2/0/0 | Zk | 3 |
M143018 | Analýza metabolomických dat
AnotaceTato přednáška seznámí studenty se základy zpracování metabolomických dat. Metabolomika studuje metabolity, což jsou meziprodukty nebo konečné produkty buněčného metabolismu (aminokyseliny, sacharidy, nukleotidy, lipidy atd.). Lipidomika je podmnožinou metabolomiky, která se specificky zaměřuje na komplexní analýzu lipidů. Studenti získají ucelený přehled o této oblasti, od získávání a zpracování dat až po komplexní analýzy, jako je analýza metabolických drah, mapování identifikátorů v databázích, analýza metabolických toků a integrace s dalšími omickými daty. Sylabus
|
2/0/0 | Zk | 3 |
M413004 | Mnohorozměrná analýza dat
AnotaceCílem předmětu je nastínit základní principy různých statistický metod pro analýzu mnohorozměrných dat. Důraz bude kladen na ověřování předpokladů jednotlivých metod a interpretaci jejich výsledků. Studenti si vyzkouší řešení konkrétních úloh pomocí programu R. Sylabus
|
2/2/0 | z, Zk | 5 |
M500002 FIT | Algoritmy data miningu
AnotacePředmět je vhodný pro ty z vás, kteří se chtějí seznámit s náramně zajímavou a užitečnou disciplínou "vytěžováním znalostí z dat" (data miningem). Budeme se vám snažit nenásilnou formou přiblížit ty nejužitečnější algoritmy, které pak snadno využijete v kterékoli oblasti informatiky. Sylabus
|
2/1/0 | z, Zk | 4 |
Povinně volitelné předměty | ||||
M320030 | Nové trendy klinického výzkumu a vývoje léčiv
AnotaceCílem předmětu je seznámit studenty s organizací preklinického výzkumu, klinických studií (designem, zaslepením, analýzou, reportováním, legislativou a etikou) a s novými terapeutickými trendy (personalizovaná medicína, genové terapie, RNA-léčiva, léčivá cílená na epigenetické modifikace), které nejsou popsány v jiných předmětech. Sylabus
|
2/0/0 | Zk | 3 |
M320010 | Enzymologie
AnotacePředmět představuje v části věnované obecné enzymologii názvosloví enzymů, jejich kovalentní struktury a struktury kofaktorů, enzymovou kinetiku, stanovení katalytické aktivity, regulace aktivit enzymů v buňce, medicinální enzymologii, enzymové inženýrství a mechanismy enzymových reakcí. V části věnované aplikované enzymologii je představena průmyslová produkce enzymů, využití enzymů jednotlivých tříd v různých odvětví průmyslu, žádoucí a nežádoucí změny v potravinářských surovinách spojené s enzymy a role enzymů v analytické chemii, klinické diagnostice molekulárně biologickém výzkumu a organické synthese. Sylabus
|
2/1/0 | z, Zk | 4 |
2. ročník
zimní semestr
Kód | Název předmětu | P/C/L | Zakončení | Kredity |
---|---|---|---|---|
Povinné předměty | ||||
M320022 | Seminář strukturní bioinformatiky
AnotacePředmět je zaměřen na pochopení a praktické procvičení počítačových metod pro předpověď struktur proteinů, jejich využití pro studium komplexů s nízkomolekulárními ligandy a jejich dynamiky. Předmět navazuje na základy bioinformatiky a strukturní biologie a prakticky je rozvíjí. Získané dovednosti poslouží studentům v další praxi v biochemickém a farmaceutickém výzkumu a vývoji. Sylabus
|
0/2/0 | kz | 2 |
M342018 | Vědecká komunikace
AnotacePředmět je zaměřen na získání znalostí ve způsobech presentace vlastních výsledků a vystupování na veřejnosti na úrovni odpovídající absolventu magisterského studia. Součástí výuky jsou praktická procvičování přednášených témat. Sylabus
|
2/1/0 | z, Zk | 4 |
M143009 | Fylogenetika a aplikovaná genomika
AnotacePřednáška se zaměřuje na komparativní genomiku a to jak ve vertikálním směru, mezidruhově, s důrazem na biologickou evoluci, tak ve směru horizontálním, vnitrodruhově, s akcentem na diverzitu populací. Popisuje hlavní evoluční principy a jejich aplikaci na genomická a proteomická data s důrazem na nové vysokopropustné sekvenační metody druhé a třetí generace. Probírá metody a algoritmy tvorby evolučních stromů z genomových i proteomických dat. Ukazuje rozdíly mezi genovými a druhovými stromy. Dále popisuje známé mutační procesy, evoluci genomů, koncept molekulárních hodin, selekci a genetický drift na molekulární úrovni, zastoupení nukleotidů, polymorfismy. Jedna přednáška je věnována vyhodnocování kvality spolehlivosti fylogenetických stromů. Přednáška dále ukazuje vnitrodruhovou genetickou variabilitu v rámci populací, způsoby měření této variability a různé modely populační genetiky. Pozornost je věnována hlavním evolučním procesům, které tuto populační variabilitu formují (genetický drift, izolace, migrace, selekce). Z klinických aplikací je probírána detekce variant jak v zárodečné, tak v somatické linii a jejich vazba na lidská onemocnění. Sylabus
|
2/0/0 | Zk | 3 |
M320084 | Proteomická analýza
AnotacePředmět je zaměřen na proteomiku, jakožto moderní způsob studia komplexních biologických systémů. Cílem předmětu je provést studenty od návrhu experimentu, přes získání proteomických dat až po jejich biologickou interpretaci a vyvození závěrů. Předmět dále doplňují přednášky o strukturní proteomice a aplikační přednášky z různých oborů, kde se proteomická analýza uplatňuje. Sylabus
|
1/2/0 | z, Zk | 4 |
M143006 | Případové studie z bioinformatiky
AnotaceShrnující předmět, který postaví získané znalosti a dovednosti do patřičných souvislostí. Na zdokumentovaných dobře provedených experimentech budou přednášející demonstrovat využití jednotlivých metod a přístupů, které byly součástí předešlých předmětů a diskutovat efektivitu jednotlivých řešení. Sylabus
|
2/0/0 | z | 3 |
M143012 | Předdiplomní projekt
AnotaceNáplní předmětu je samostatná odborná práce na vybraném výzkumném projektu na Ústavu informatiky a chemie. Téma si volí student z aktuální nabídky ústavu, obvykle v práci na tomtéž tématu pokračuje i během řešení diplomové práce. Cílem předmětu je hlouběji zapojit studenty do výzkumné činnosti ústavu, seznámit je se zásadami vědecké práce, metodami zpracování a analýzy dat a se způsoby prezentace výsledků odborné činnosti. Sylabus
|
0/5/0 | kz | 3 |
M500003 FIT | Metody výpočetní inteligence
AnotaceStudenti porozumí základním metodám a technikám výpočetní inteligence, které vycházejí z tradiční umělé inteligence, jsou paralelní povahy a jsou použitelné pro řešení celé řady problémů. Studenti se naučí, jak tyto metody pracují a jak je aplikovat na problémy související s data miningem, řízením, inteligencí ve hrách, optimalizací, apod. Sylabus
|
2/1/0 | z, Zk | 4 |
M500004 FIT | Předzpracování dat
AnotaceStudenti se naučí připravit surová data pro další zpracování a analýzu. Získají znalosti algoritmů pro extrakci parametrů z různých datových zdrojů, jako jsou obrázky, texty, časové řady, apod, a získají dovednosti tyto teoretické znalosti aplikovat při řešení daného problému, např. extrakce parametrů z obrazových dat nebo z Internetu. Sylabus
|
2/1/0 | z, Zk | 4 |
Povinně volitelné předměty | ||||
AM320086 | Molecular Basis of Evolution
AnotacePředmět poskytuje přehled evoluční biologie se zaměřením na její porozumění z hlediska biochemie a molekulární genetiky. Kurz je rozdělen do třech bloků osvětlujících molekulární podstatu (i) chemické evoluce, (ii) biologické evoluce a (iii) propojení buněčné biologie a vývojové genetiky s evolučními procesy, metody jejich studia. Sylabus
|
2/0/0 | Zk | 3 |
M320034 | Forenzní genetika
AnotacePředmět uvádí studenty do problematiky forenzní analýzy DNA jako dominantní metody určení původu biologického materiálu; seznamuje je s biologickými principy, z nichž obor vychází, aplikačními okruhy oboru (kriminalistika, příbuzenské analýzy, identifikační analýzy, bioarcheologie, rekreační genetika), principy analýz od sběru biologického materiálu až po finální vyhodnocení; přináší dále přehled jiných než identifikačních analýz a zahrnuje též základy forenzní statistiky v oblasti genetické analýzy. Sylabus
|
2/2/0 | z, Zk | 5 |
letní semestr
Kód | Název předmětu | P/C/L | Zakončení | Kredity |
---|---|---|---|---|
Povinné předměty | ||||
M963001 | Diplomová práce
AnotaceCílem diplomové práce je prokázat schopnost studentů samostatně vyřešit zadané téma práce, popsat metody a výsledky řešení, kriticky zhodnotit a diskutovat získané výsledky, formulovat nejdůležitější závěry. Práce typicky sestává z literární části, v níž student vypracuje literární rešerši z odborné, převážně cizojazyčné literatury , při níž si rozšíří teoretické znalosti v oblasti tématu diplomové práce, a části praktické. Praktická část má experimentální nebo výpočetní charakter a vyžaduje aktivní aplikaci znalostí a dovedností získaných v předchozím studiu a poznatků získaných v literární části k tomu, aby byly získány původní výsledky. Součástí práce musí být přehledná a adekvátní prezentace dosažených výsledků, jejich kritické zhodnocení a diskuse v kontextu současného stavu poznání, prezentovaného v literární části, a formulace závěrů, dokumentujících splnění cílů práce. Sylabus
|
0/30/0 | z | 30 |